国际单体型计划 the international hapmap project(1)

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国际单体型计划 the international hapmap project(1)
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hapmap现在已经由最初的4个群体扩展到了11个群体，SNP也到了几百万级别，想研究一下。
国际单体型计划网站:
http://www.hapmap.org/
http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/
计划内容：
    一些常见疾病是遗传和环境的结果，因此发现影响疾病的遗传因素就显得格外重要。连锁分析在分析单基因疾病的causative变异上取得了很大的进步，但是对于一些由很多微效果基因引起的常见复杂疾病却效能很低。关联分析作为一个补充的方法通过比较病例/对照样本来寻找这些遗传风险因素。如果没有自然选择的话，这些变异的频率就可能组成一个相对稳定不变的谱，许多变异则是人群中的常见变异。大量的对于候选基因区域、疾病连锁区域、或更大范围的研究已经成功的鉴别出来很多疾病的遗传风险因子，比如最近的WTCCC的一系列50几万的 SNP的检测分析，在几种复杂疾病中取得了很大的成功。
    一种关联分析方法为直接的方法，去检测假定的causal变异是否与疾病关联，为了寻找整个基因组的这种变异需要对很多样本进行大规模的基因组范围内的测序，需要消耗很多的人力，物力和财力。目前这种直接的方法只限定在候选具有特定功能的可能和疾病相关的候选基因区域（这些区域是根据以前的功能研究或假设而确定的）。
    另一种关联分析的方法称为间接的方法，也是hapmap计划的一个重要内容，是通过一些做为标记的序列变异，来鉴别特殊的遗传区域和疾病关联，这样寻找causative变异能够被限定在这样地显示和疾病关联的区域。SNP作为第三代遗传标记的作用就是在于此。
    两个来自于人类遗传的观点表明，间接的方法能够捕获大量的人类序列变异，比直接的方法高效的多。第一、个体中序列变异的大约90%是常见的变异。第二、大多数这些变异起源于历史的突变事件，因此和存在于ancestral染色体上的这个突变位置附近的变异所关联，（这种关联是一种两个位置上的非随机现相，也就是连锁不平衡，也因为如此，连锁不平衡是关联分析的一个基础）。这些关联使得使用间接方法来研究候选基因区域、染色体区域以及整个基因组范围内的变异称为可能。因此也就不再需要关于假定功能变异的先验知识。取而代之的是这种方法能够从一个比较小的变异集合来捕获基因组的大多数常见变异，因此任何一个区域或基因如果它和某种疾病相关的话，那么就能够被检测出来。
    国际单体型计划的目的是通过对起源于人类亚、欧、非四个群体祖先的序列变异、频率和变异之间的关系分析，从而测定人类基因组的序列变异的常见模式。这个计划将为用于功能候选基因区域、被基于家系的连锁分析确定的区域或整个基因组的疾病风险因子的扫描所使用间接的关联分析方法提供一个有利的工具。
    对疾病影响的常见变异通过这种方法能够很快的被检测（注：这也就是常通常所说的见疾病-常见变异common disease-common variant，常见的疾病的致病往往并非单一因素引起，是遗传因素积累和环境因素诱发的结果，疾病人群的常见变异的频率显然要高些），但是并不是所有的素因性的变异是常见的变异。然而值得注意的一点是，这种方法相对来讲对不常见的疾病关联的变异也能够起作用，反映到历史事件上，不常见的变异在传递的过程中也携带一些附近的序列变异。在疾病群体中，西有变异的频率要高于对照群体，这显然有助于分析连锁分析指定的风险区域。
（待续）