plotCtCard(HTqPCR)
plotCtCard()所属R语言包：HTqPCR
Image plot of qPCR Ct values from a card format
定量PCR CT图像的图重视从卡格式
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Function for plotting high-throughput qPCR Ct values from a platform with a defined spatial layout, such as TaqMan Low Density Assay cards. The location of Ct values in the plot corresponds to the position of each well on the card.
从平台定义的空间布局的TaqMan低密度脂蛋白含量卡，如高通量定量PCR的Ct值的绘图功能。 CT值在小区的位置，以及卡上的每个位置对应。
用法----------Usage----------
plotCtCard(q, card = 1, plot = "Ct", main, nrow = 16, ncol = 24, col, col.range, na.col = "grey", na.value = 40, legend.cols, well.size = 3.1, zero.center = FALSE, unR = FALSE, unD = FALSE, ...)
参数----------Arguments----------
参数：q
object of class qPCRset.
对象类qPCRset。
参数：card
integer, the sample number to plot.
整数，样本数以图。
参数：plot
character string among "Ct", "flag", "type", "class") indicating what type of plot to produce. See Details for a longer description.
字符串之间的“CT”，“国旗”，“类型”，“类”），表示要生产什么类型的图。看到一个较长的描述详细。
参数：main
character string, the title of the plot. Per deault this is the sample name corresponding to card.
字符串，图的标题。这是每deault样品名称对应卡。
参数：nrow
integer, the numer of rows on the card (16 for a standard 384 well format).
整数，numer行卡上的（16）384标准格式。
参数：ncol
integer, the numer of columns on the card (24 for a standard 384 well format).
整数，numer卡列（24）384标准格式。
参数：col
vector of colors of the same length as the number of different groups for the categorical data, or the name of a colour scheme for the continuous data.
颜色为不同群体的分类数据，或一个连续数据的配色方案的名称相同长度的向量。
参数：col.range
vector, the range of colours to use.
向量，使用的颜色范围。
参数：na.col
the colour used for well with NA (undetermined) Ct values.
用于NA（待定）Ct值的颜色。
参数：na.value
numeric, if NA has been replaced by an (arbitrary) high Ct value in the data.
数字，如果NA（任意）高CT值在数据已取代。
参数：legend.cols
integer, how many columns should the legend text be split into (defaults to number of labels).
整数，传说中的文字有多少列应被分为（默认标签数量）。
参数：well.size
numeric, for adjusting the size of the wells on the card.
数字，调整卡上的孔的大小。
参数：zero.center
logical, should the colours be shifted to be zero-centered.
逻辑的颜色，应被转移到零为本。
参数：unR
logical, should wells from the category "Unreliable" be crossed out.
逻辑，应该从类别水井“不可靠”被划掉了。
参数：unD
logical, should wells from the category "Undetermined" be crossed out.
逻辑，应该从类别的井“未决定用途”被划掉了。
参数：...
any other arguments will be passed to the plot and points functions.
任何其他参数将被传递给plot和points功能。
Details
详情----------Details----------
This function may be used to plot the values of any well-specific information, such as the raw or normalized Ct values, or categorical data such as flag, gene class etc. The image follows the layout of an actual HTqPCR card.
此功能可用于任何特定的信息，如原料或归CT值，或分类数据，如标志，绘制的值，基因类等的图像如下布局一个的实际HTqPCR卡。
If unR=TRUE these will wells will be crossed out using a diagonal cross (X), whereas unD=TRUE will be marked with a horisontal/vertical cross.
如果unR=TRUE这些井将被划掉对角线交叉（X）的使用，而unD=TRUE将与horisontal /垂直交叉标记。
值----------Value----------
A plot is created on the current graphics device.
当前图形设备上创建一个图。
作者（S）----------Author(s)----------
Heidi Dvinge
参见----------See Also----------
image, and plotCtArray for plotting data from other high-throughput qPCR platforms (e.g. Fluidigm arrays).
image，plotCtArray其他高吞吐量的qPCR平台（如Fluidigm公司阵列）的数据绘制。
举例----------Examples----------
# Load some example data[加载一些示例数据]
data(qPCRraw)
# Plot Ct values from first card[图的Ct值从第一张卡]
plotCtCard(qPCRraw)
plotCtCard(qPCRraw, card=2, col.range=c(10,35))
plotCtCard(qPCRraw, unR=TRUE, unD=TRUE)
# Other examples[其他的例子]
plotCtCard(qPCRraw, plot="class")
plotCtCard(qPCRraw, plot="type")
plotCtCard(qPCRraw, plot="flag")
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发表于 2012-2-25 21:49:31
