R语言 HTqPCR包 plotCtArray()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotCtArray(HTqPCR)
plotCtArray()所属R语言包：HTqPCR

                                        Image plot of qPCR Ct values from an array format
                                         定量PCR CT图像积值从一个数组格式

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function for plotting high-throughput qPCR Ct values from a platform with a defined spatial layout, such as Fluidigm Dynamic Arrays. The location of Ct values in the plot corresponds to the position of each well on the array.
从平台定义的空间布局Fluidigm公司动态数组，如高通量定量PCR的Ct值的绘图功能。 CT值在小区的位置，对应于阵列上每口井的位置。


用法----------Usage----------


plotCtArray(q, plot = "Ct", main, col, col.range, na.col = "grey", na.value = 40, chamber.size, ...)



参数----------Arguments----------

参数：q
object of class qPCRset.  
对象类qPCRset。


参数：plot
character string indicating what type of plot to produce. Currently only "Ct" is implemented.
字符串表示什么类型的图产生。目前，只有“CT”的实施。


参数：main
character string, the title of the plot. Per default "Ct values".
字符串，图的标题。每默认“Ct值”。


参数：col
the name of a colour scheme.
配色方案的名称。


参数：col.range
vector, the range of colours to use.
向量，使用的颜色范围。


参数：na.col
the colour used for well with NA (undetermined) Ct values.
用于NA（待定）Ct值的颜色。


参数：na.value
numeric, if NA has been replaced by an (arbitrary) high Ct value in the data.
数字，如果NA（任意）高CT值在数据已取代。


参数：chamber.size
numeric, for adjusting the size of the reaction chamber on the card.
数字，调整卡上的反应室的大小。


参数：...
any other arguments will be passed to the plot function.
任何其他参数将被传递给plot功能。


值----------Value----------

A plot is created on the current graphics device.
当前图形设备上创建一个图。


作者（S）----------Author(s)----------


Heidi Dvinge



参见----------See Also----------

plotCtCard for plotting data from other high-throughput qPCR platforms.
plotCtCard图从其他高通量定量PCR平台的数据。


举例----------Examples----------


       
# Locate example data[找到示例数据]
exPath <- system.file("exData", package="HTqPCR")
exFiles <- "fluidigm_sample.csv"
# Create qPCRset object[创建qPCRset对象]
temp        <- readCtData(exFiles, path=exPath, n.features=48*48, flag=9, feature=5, type=6, Ct=7, position=1, skip=12, sep=",")
# Re-format from 1x2304 samples in input file into 48x48 as on array[格式转换成48×48阵列从1x2304输入文件中的样本]
raw        <- changeCtLayout(temp, sample.order=rep(1:48, each=48))
# Plot[图]
plotCtArray(raw)
# Change colour and range[改变颜色和范围]
plotCtArray(raw, col=brewer.pal(11, "Spectral"), col.range=c(10,35))


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