R语言 HTqPCR包 heatmapSig()函数中文帮助文档(中英文对照)

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heatmapSig(HTqPCR)
heatmapSig()所属R语言包：HTqPCR

                                        Heatmap of deltadeltaCt values from qPCR data.
                                         热图qPCR数据deltadeltaCt的值。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Heatmap and clustering of deltadeltaCt values from different sample comparisons using qPCR data.
热图和聚类deltadeltaCt使用qPCR数据比较从不同的样本值。


用法----------Usage----------


heatmapSig(qDE, comparison = "all", col, zero.center = TRUE, mar, dist = "pearson", ...)



参数----------Arguments----------

参数：qDE
data.frame or list, as created by ttestCtData or limmaCtData.
数据框或列表，创建ttestCtData或limmaCtData。


参数：comparison
integers or the names of the comparisons to include in the plot. Deaults to all results in the qDE data, but a minimum of two is required.
整数或比较的名称，包括图。需要qDE数据，但至少两个结果deaults。


参数：col
colour scheme to use for the plot.
配色方案，使用的图。


参数：zero.center
logical, should the colour scale be centered around 0.
逻辑，应围绕0色阶。


参数：mar
vector of length two, the bottom and right side margins mof the heatmap.
向量的长度为两个，底部和右侧边缘财政部的热图。


参数：dist
character string, either "pearson" (default) or "euclidean" indicating what type of distance is used for the clustering.
字符串，无论是“培”（默认）或“欧氏”，表示什么类型的距离聚类。


参数：...
further arguments passed to heatmap.2.
通过进一步的论据heatmap.2。


Details

详情----------Details----------

This function can be useful if multiple conditions are compared, for detecting features with similar behaviour in comparisons, and look at the general level of up and down regulation.
如果多个条件进行了比较，这可以是有用的功能，用于检测功能比较类似的行为，并期待在上下调节的一般水平。


值----------Value----------

A plot if produced in the current graphics device.
一个图，如果在当前图形设备的生产。


作者（S）----------Author(s)----------


Heidi Dvinge



参见----------See Also----------

heatmap.2 for modifying the plot, and ttestCtData or limmaCtData for generating the data used for the plotting.
heatmap.2修改的图，和ttestCtData或limmaCtData产生的图所使用的数据。


举例----------Examples----------


# Load example preprocessed data [加载预处理数据的例子]
data(qPCRpros)
samples <- read.delim(file.path(system.file("exData", package="HTqPCR"), "files.txt"))
# Define design and contrasts[定义设计和对比]
design <- model.matrix(~0+samples$Treatment)
colnames(design) <- c("Control", "LongStarve", "Starve")
contrasts        <- makeContrasts(LongStarve-Control, LongStarve-Starve, Starve-Control, levels=design)
# Reorder data to get the genes in consecutive rows[重新排列数据，在连续的行得到的基因]
temp        <- qPCRpros[order(featureNames(qPCRpros)),]
# The actual test [实际测试]
qDE        <- limmaCtData(temp, design=design, contrasts=contrasts, ndups=2, spacing=1)
# Plotting the heatmap[绘制的热图]
heatmapSig(qDE)
heatmapSig(qDE, dist="euclidean")

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