clusterCt(HTqPCR)
clusterCt()所属R语言包：HTqPCR
Clustering of qPCR Ct values
定量PCR的Ct值的聚类
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Hierarchical clustering of samples or genes from high-throuhgput qPCR experiments, such as the TaqMan Low Density Array platform. Individual clusters can be selected, and the features within them listed in the given order.
从的高throuhgput的qPCR实验的TaqMan低密度阵列平台，如样品或基因的层次聚类。可以选择个别联网，并在他们的特点，在给定的顺序列出。
用法----------Usage----------
clusterCt(q, main = NULL, type = "genes", dist = "pearson", xlab = "Cluster dendrogram", n.cluster, h.cluster, select.cluster = FALSE, ...)
参数----------Arguments----------
参数：q
object of class qPCRset.
对象类qPCRset。
参数：main
character string, plot title.
字符串，小区称号。
参数：type
character string, either "genes" (default) or "samples", indicating what is to be clustered.
字符串，无论是“基因”（默认）或“样本”，说明什么是聚类。
参数：dist
character string, specifying whether to use "pearson" correlation (default) or "euclidean" distance for the clustering.
字符串，指定是否使用“培”的相关（默认）或“欧几里德”聚类的距离。
参数：xlab
character string, label for the x-axis.
字符串，x轴的标签。
参数：n.cluster
integer, the number of cluster to divide the dendrogram into. See details.
整数，数字聚类划分聚类到。查看详情。
参数：h.cluster
numeric, the height at which to cut the dendrogram into clusters. See details.
数字切成聚类树状的高度。查看详情。
参数：select.cluster
logical, whether to select clusters interactively. See details.
逻辑，是否选择聚类交互。查看详情。
参数：...
any other arguments will be passed to the plot function.
任何其他参数将被传递给plot功能。
Details
详情----------Details----------
This function may be used to cluster the Ct values and present the result as a dendrogram.
此功能可用于聚类的Ct值，并提出作为聚类分析的结果。
The n.cluster and h.cluster parameters are from the rect.hclust function and can be used to divide the dendrogram into subclusters based on either number of clusters or height of branch, drawing boxes around subclusters. The members of each cluster can be returned (see value). If n.cluster is specified h.cluster will be ignored.
n.cluster和h.cluster参数是从rect.hclust功能，可用于，分为基于任聚类或分行的高度，画箱左右subclusters的subclusters树状图。每个聚类成员可以返回（值）。如果n.cluster指定h.cluster将被忽略。
If select.cluster is chosen individual subclusters can be selected and marked by a box by clicking on their highest comment branch with the (first) mouse buttom. Multiple clusters can be selected until any mouse button other than the first is pressed, and the function can be used in conjunction with either n.cluster or h.cluster. The members of each cluster will likewise be returned, in the order they were selected.
如果select.cluster选择个别subclusters可被选中框标记点击鼠标buttom（第一），他们最高的评论分支。多个聚类可以选择，直到第一以外的其他任何鼠标按钮被按下，功能，可配合使用，无论是n.cluster或h.cluster。每个聚类成员同样会被退回，在他们被选中的顺序。
值----------Value----------
A plot is created on the current graphics device. If any subclusters are marked, these will be returned invisibly in a list, with one component for each subcluster. The individual slots in the list contain the names og the genes, and their position in the original input data (row number).
当前图形设备上创建一个图。如果任何subclusters被标记，这些将返回无形列表中，与各分部门的一个组成部分。列表中的单个插槽包含名称噩基因，它们在原始输入数据的位置（行号）。
作者（S）----------Author(s)----------
Heidi Dvinge
参见----------See Also----------
hclust, dist, rect.hclust, identify.hclust
hclust，dist，rect.hclust，identify.hclust
举例----------Examples----------
# Load example data[加载示例数据]
data(qPCRraw)
# Clustering samples[聚类样本]
clusterCt(qPCRraw, type="samples")
clusterCt(qPCRraw, type="samples", dist="euclidean")
# Clustering genes[聚类的基因]
clusterCt(qPCRraw, type="genes", cex=0.5)
clusterCt(qPCRraw, type="genes", h.cluster=1.5, cex=0.5)
cluster.list <- clusterCt(qPCRraw, type="genes", n.cluster=6, cex=0.5)
cluster.list[[1]]
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发表于 2012-2-25 21:47:48
