R语言 HELP包 plotFeature()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotFeature(HELP)
plotFeature()所属R语言包：HELP

                                         Plot feature versus two-color intensity  
                                         两色强度与图功能

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Graphical display of featureData (ex: fragment size) versus two-color signal intensity data
两色信号强度数据与图形显示featureData（如：片段大小）


用法----------Usage----------


plotFeature(x, y, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
matrix of numerical data to be plotted, with two columns (one for each signal channel). x can also be of class "ExpressionSet".  
要绘制的数值数据矩阵，与两列（每个信号通道之一）。 x类"ExpressionSet"也可以。


参数：y
an additional vector of numerical data to be used for feature. If y is missing, the function will attempt to fill a value from featureData in x.  
要使用额外的数值数据向量功能。如果y的丢失，该函数将试图填补了从featureDatax价值。


参数：...
Arguments to be passed to methods (see plotFeature-methods):     
被传递到方法的参数（见plotFeature-methods）：

element.x which element of AssayData to use (for signal channel 1) for a given ExpressionSet input (default is "exprs")   
element.xAssayData使用一个给定的ExpressionSet输入（信号通道1）元素（默认是"exprs"）

element.y which element of AssayData to use (for signal channel 2) for a given ExpressionSet input (default is "exprs2")   
element.y哪个元素AssayData使用一个给定的ExpressionSet输入（信号通道2）（默认是"exprs2"）

sample which element of sampleNames to use as data (default is 1). Can be a character matching a sample name or simply an integer indicating which sample to choose.   
sample元素sampleNames使用的数据（默认为1）。可以是一个字符匹配的样品名称或仅仅是一个整数，指示选择的样品。

feature which element of featureData to use as plotting feature (default is 1). Can be a character matching varLabel or simply an integer indicating which feature to choose.   
featurefeatureData使用绘图功能（默认为1）的元素。可以是一个匹配varLabel“或只是一个整数，指示功能选择的字符。

feature.random which element of featureData to use to identify random probes (default is "TYPE"). Can be a character matching varLabel or simply an integer indicating which feature to choose.   
feature.random元素featureData来识别随机探针（默认是"TYPE"）。可以是一个匹配varLabel“或只是一个整数，指示功能选择的字符。

which.random an integer vector specifying which rows of data correspond to random probes. if NULL (default), the function will attempt to identify random probes using featureData.   
which.random整数向量指定随机探针对应的数据行。如果NULL（默认），该函数将试图确定使用featureData随机探针。

random.flag a character specifying the label for random probes in feature.random from featureData. Default is "RAND".   
random.flagfeature.randomfeatureData随机探针指定的标签字符。默认"RAND"。

na.rm logical; if TRUE (default), missing values are removed from x. If FALSE any missing values cause an error.  
如果na.rm逻辑; TRUE（默认），遗漏值从x删除。如果FALSE任何遗漏值导致错误。

limit numerical input specifying the maximum number of points to plot (default is 10,000). if NULL, all points will be used.  
limit数字输入指定地积点的最大数量（默认值是10000）。如果NULL，将被用于所有的点。

cutoff a numerical input specifying the value below which signal intensities from channel 1 can be considered "failed" probes. If NULL (default), the function will attempt to calculate a cutoff from random probe information.  
cutoff数值输入指定值低于该通道1的信号强度可以被认为是“失败的”探针。如果NULL（默认），该函数将尝试从随机探针信息计算的截止。

cutoff2 a numerical input specifying the value below which signal intensities from channel 2 can be considered "failed" probes. If NULL (default), the function will attempt to calculate a cutoff from random probe information.  
cutoff2数值输入指定值低于该通道2的信号强度可以被认为是“失败的”探针。如果NULL（默认），该函数将尝试从随机探针信息计算的截止。

main an overall title for the plot: see title.   
main总冠军的图：看到title。

xlab a title for the x axis (default is "Fragment size (bp)"): see title.   
xlabx轴的标题（默认为"Fragment size (bp)"）title。

ylab a title for the y axis for signal channel 1 (default is "log(MspI)"): see title.   
ylab信号通道1（默认是"log(MspI)"）y轴的标题：看title。

ylab2 a title for the y axis for signal channel 2 (default is "log(HpaII)"): see title.   
ylab2信号通道2（默认是"log(HpaII)"）y轴的标题：看title。

cex numerical value (default is 0.2) giving the amount by which plotting text and symbols should be scaled relative to the default.   
cex数值（默认为0.2），其中绘制文字和符号相对应扩大默认的金额。

\dots other arguments to be passed to plot. See plot.      
\dots可以通过plot其他参数。看到plot。


作者（S）----------Author(s)----------


Reid F. Thompson (<a href="mailto:rthompso@aecom.yu.edu">rthompso@aecom.yu.edu</a>)



参见----------See Also----------

plotFeature-methods
plotFeature-methods


举例----------Examples----------


#demo(pipeline,package="HELP")[演示（管道，包=“帮助”）]

msp1 <- sample(8000:16000/1000, size=1000)
msp1 <- msp1[order(msp1)]
hpa2 <- sample(8000:16000/1000, size=1000)
hpa2 <- hpa2[order(hpa2)]
size <- sample((1:1000)*1.8+200, size=1000)
rand <- which.min(abs(msp1-quantile(msp1, 0.25)))
plotFeature(cbind(msp1, hpa2), size, which.random=(rand-20)rand+20), main="Random")

#rm(msp1, hpa2, size, rand)[RM（MSP1，hpa2，大小，兰德）]

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