R语言 HELP包 createWiggle()函数中文帮助文档(中英文对照)

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createWiggle(HELP)
createWiggle()所属R语言包：HELP

                                         Create wiggle track
                                         创建摆动轨道

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Create and write a wiggle track (UCSC Genome Browser format) to flat file
创建和写摆动轨道（UCSC基因组浏览器格式）到平面文件


用法----------Usage----------


createWiggle(x, y, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
matrix of numerical data, where each column represents data for an individual wiggle track. x can also be of class "ExpressionSet".   
矩阵的数值数据，其中每一列代表个人摆动轨道的数据。 x类"ExpressionSet"也可以。


参数：y
  an additional matrix of numerical data with columns corresponding to chr, start, and end, respectively.  
附加矩阵相应CHR列的数值数据，开始和结束，分别。


参数：...
Arguments to be passed to methods (see createWiggle-methods):     
被传递到方法的参数（见createWiggle-methods）：

element which element of AssayData to use for a given ExpressionSet input (default is "exprs")   
element元素AssayData使用一个给定的ExpressionSet输入（默认为"exprs"）

feature.chr which element of featureData to use as chromosomal information (default is "CHR"). Can be a character matching varLabel or simply an integer indicating which feature to choose.   
feature.chr元素featureData使用染色体信息（默认为"CHR"）。可以是一个匹配varLabel“或只是一个整数，指示功能选择的字符。

feature.start which element of featureData to use as start positions (default is "START"). Can be a character matching varLabel or simply an integer indicating which feature to choose.   
feature.start元素featureData使用的起始位置（默认是"START"）。可以是一个匹配varLabel“或只是一个整数，指示功能选择的字符。

feature.stop which element of featureData to use as end positions (default is "STOP"). Can be a character matching varLabel or simply an integer indicating which feature to choose.   
feature.stop元素featureData使用结束位置（默认是"STOP"）。可以是一个匹配varLabel“或只是一个整数，指示功能选择的字符。

samples which sample(s) to use as data. Can be a vector of characters matching sample names, integers indicating which samples to choose, or a mixture of the two. If NULL (default), all samples will be used.   
samples样本（）使用的数据。可以是一个矢量字符匹配样本的名称，表示样本选择的整数，或两者的混合物。如果NULL（默认），所有样品将使用。

colors vector of colors, indicates which colors to use for which wiggle track   
colors色彩的向量，表示使用的颜色的摆动轨迹

file location of file to write wiggle track information; if "", wiggle track prints to the standard output connection: see cat.   
file写摆动跟踪信息的文件的位置;如果""，摆动轨迹打印到标准输出连接：cat。

append logical; if TRUE, the output is appended to an existent wiggle track file. If FALSE (default), a new file with a new header is created and any existing file of the same name is destroyed.   
append逻辑，如果TRUE，输出追加到一个存在的摆动轨迹文件。如果FALSE（默认），一个新的头一个新文件被创建和被摧毁任何现有的同名文件。

na.rm logical; if TRUE (default), missing values are removed from data. If FALSE any missing values cause an error   
na.rm逻辑;如果TRUE（默认），遗漏值是从数据中删除。如果FALSE任何遗漏值导致错误

sep a string used to separate columns. Using sep = "\t" (default) gives tab-delimited output.   
sep使用单独的列中的字符串。使用sep = "\t"（默认）为制表符分隔的输出。

\dots other arguments to be passed to cat. See cat.     
\dots可以通过cat其他参数。看到cat。


作者（S）----------Author(s)----------


Reid F. Thompson (<a href="mailto:rthompso@aecom.yu.edu">rthompso@aecom.yu.edu</a>)



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

write, cat
write，cat


举例----------Examples----------


#demo(pipeline,package="HELP")[演示（管道，包=“帮助”）]

chr <- rep("chr1", 500)
start <- (1:500)*200
end <- start+199
data <- sample(5*(1:10000/10000)-2, size=500)
data <- cbind(data, abs(data), -1*data)
colnames(data) <- c("data", "abs", "opposite")
createWiggle(data, cbind(chr, start, end))

#rm(chr, start, end, data)[RM（CHR，起点，终点，数据）]

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