R语言 GWASTools包 pseudoautoIntensityPlot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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pseudoautoIntensityPlot(GWASTools)
pseudoautoIntensityPlot()所属R语言包：GWASTools

                                         Plot B Allele Frequency and Log R Ratio for the X and Y chromosomes,
                                         图B等位基因频率和logR比率为X和Y染色体，

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function plots X, Y and pseudoautosomal SNPs on BAF/LRR plots.
此功能图的X，Y和拟常曝气生物滤池/ LRR类图上的SNPs。


用法----------Usage----------


pseudoautoIntensityPlot(intenData, scan.ids, code=NULL,
  plotY=FALSE, hg.build=c("hg18", "hg19"), ...)



参数----------Arguments----------

参数：scan.ids
A vector containing the sample indices of the plots.
包含的图样本指数的一个向量。


参数：intenData
IntensityData object, must contain 'BAlleleFreq' and 'LogRRatio'
IntensityData对象，必须包含“BAlleleFreq的和LogRRatio的”


参数：code
A character vector containing the titles to be used for each plot. If NULL then the title will be the sample number and the chromosome.
每个小区使用的标题字符向量。如果NULL然后标题是样本数和染色体。


参数：plotY
If plotY is TRUE, the Y chromosome will be plotted in addition to X.
如果plotY是TRUE，Y染色体将绘制除了十


参数：hg.build
Human genome bulid number
人类基因组bulid数


参数：...
Other parameters to be passed directly to plot.
其他参数将直接传递到plot。


Details

详情----------Details----------

The pseudoautosomal regions are highlighted on the plots (PAR1 and PAR2 in gray, XTR in yellow), and the X, Y, and XY SNPs are plotted in different colors.  The base positions for these regions depend on genome build (hg.build). Currently hg18 and hg19 are supported.
拟常区域突出的图（在黄色XTR的PAR1和PAR2在灰色），并在不同的颜色绘制的X，Y和XY的SNPs。这些区域的碱基位置取决于基因组构建（hg.build）。目前hg18和hg19支持。

By default the output is a 2-panel plot with LRR and BAF for the X chromosome.  if plotY is TRUE, the output is a 4-panel plot with the Y chromosome plotted as well.
默认情况下，输出是与LRR和BAF 2面板的X染色体上的图。如果plotYTRUE，输出是一个带有Y染色体绘制成井4面板的图。


作者（S）----------Author(s)----------


Caitlin McHugh  



参考文献----------References----------

Nature, 434: 325-337.  doi:10.1038/nature03440

参见----------See Also----------

pseudoautosomal, IntensityData, GenotypeData,
pseudoautosomal，IntensityData，GenotypeData


举例----------Examples----------


library(GWASdata)
data(illumina_scan_annot)
scanAnnot <- ScanAnnotationDataFrame(illumina_scan_annot)
blfile <- system.file("extdata", "illumina_bl.nc", package="GWASdata")
blnc <- NcdfIntensityReader(blfile)
intenData <-  IntensityData(blnc, scanAnnot=scanAnnot)

scanID <- getScanID(scanAnnot, index=1)
pseudoautoIntensityPlot(intenData=intenData, scan.ids=scanID)
close(intenData)

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