R语言 GWASTools包 ncdfSubset()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ncdfSubset(GWASTools)
ncdfSubset()所属R语言包：GWASTools

                                        Write a subset of data in a netCDF file to a new netCDF file
                                         写netCDF文件中的数据的一个子集到一个新的netCDF文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

ncdfSubset takes a subset of data (snps and samples) from a netCDF file and write it to a new netCDF file. ncdfSubsetCheck checks that a netCDF file is the desired subset of another netCDF file.
ncdfSubset从netCDF文件的数据子集（单核苷酸多态性和样品），并把它写入一个新的netCDF文件。 ncdfSubsetCheck检查，netCDF文件是另一个netCDF文件所需的子集。


用法----------Usage----------


ncdfSubset(parent.ncdf, sub.ncdf,
           sample.include=NULL, snp.include=NULL,
           verbose=TRUE)

ncdfSubsetCheck(parent.ncdf, sub.ncdf,
                sample.include=NULL, snp.include=NULL,
                verbose=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：parent.ncdf
Name of the parent netCDF file
父netCDF文件的名称


参数：sub.ncdf
Name of the subset netCDF file
集netCDF文件的名称


参数：sample.include
Vector of sampleIDs to include in sub.ncdf
到包括sub.ncdf的sampleIDs矢量


参数：snp.include
Vector of snpIDs to include in sub.ncdf
到包括sub.ncdf的snpIDs矢量


参数：verbose
Logical value specifying whether to show progress information.
逻辑值，指定是否显示进度信息。


Details

详情----------Details----------

ncdfSubset can select a subset of snps for all samples by setting snp.include, a subset of samples for all snps by setting sample.include, or a subset of snps and samples with both arguments.
ncdfSubset可以选择所有样品的单核苷酸多态性的一个子集，通过设置snp.include设置sample.include，或SNPs和两个参数的样品的一个子集的子集，所有单核苷酸多态性的样本。


作者（S）----------Author(s)----------


Cathy Laurie, Stephanie Gogarten



参见----------See Also----------

ncdf, ncdfCreate, ncdfAddData
ncdf，ncdfCreate，ncdfAddData


举例----------Examples----------


ncfile <- system.file("extdata", "affy_geno.nc", package="GWASdata")
nc <- NcdfGenotypeReader(ncfile)
sample.sel <- getScanID(nc, index=1:10)
snp.sel <- getSnpID(nc, index=1:100)
close(nc)

subnc <- tempfile()
ncdfSubset(ncfile, subnc, sample.include=sample.sel, snp.include=snp.sel)
ncdfSubsetCheck(ncfile, subnc, sample.include=sample.sel, snp.include=snp.sel)
file.remove(subnc)

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