R语言 GWASTools包 missingGenotypeBySnpSex()函数中文帮助文档(中英文对照)

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missingGenotypeBySnpSex(GWASTools)
missingGenotypeBySnpSex()所属R语言包：GWASTools

                                        Missing Counts per SNP by Sex
                                         按性别划分每单核苷酸多态性失踪计数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

For all SNPs for each sex tabulates missing SNP counts, allele counts and heterozygous counts.  
对于每个性别的SNPs列表失踪的SNP数，等位基因数和杂计数。


用法----------Usage----------


missingGenotypeBySnpSex(genoData, scan.exclude = NULL,
                        verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：genoData
GenotypeData object.
GenotypeData对象。


参数：scan.exclude
A vector containing the scan numbers of scans that are to be excluded from the total scan list.  
一个向量，包含扫描数字扫描，从总的扫描列表中排除。


参数：verbose
Logical value specifying whether to show progress information.
逻辑值，指定是否显示进度信息。


Details

详情----------Details----------

This function calculates the fraction of missing genotypes for males and females for each SNP given in genoData. A "sex" variable must be present in the scan annotation slot of genoData.
此函数计算缺少男性和女性为每个SNP基因型在genoData给出的分数。一个“性”的变量必须在扫描注释插槽genoData。


值----------Value----------

This function returns a list with three components: "missing.counts," "scans.per.sex," and "missing.fraction."
此函数返回由三个部分组成的一个列表：“missing.counts”，“scans.per.sex”和“missing.fraction”。


参数：missing.counts
A matrix with one row per SNP and one column per gender containing the number of missing SNP counts for males and females, respectively.  
一行每SNP和每一个包含缺少男性和女性的SNP计数的性别，分别列矩阵。


参数：scans.per.sex
A vector containing the number of males and females respectively.
一个向量，包含男性和女性人数分别。


参数：missing.fraction
A vector containing the fraction of missing counts for each SNP, with females excluded for the Y chromosome.
一个向量，包含失踪数的一小部分，每个SNP与Y染色体的排除女性。


作者（S）----------Author(s)----------


Cathy Laurie, Stephanie Gogarten



参见----------See Also----------

GenotypeData, missingGenotypeByScanChrom
GenotypeData，missingGenotypeByScanChrom


举例----------Examples----------


library(GWASdata)
file <- system.file("extdata", "affy_geno.nc", package="GWASdata")
nc <- NcdfGenotypeReader(file)

# need scan annotation with sex[需要扫描的注释与性别]
data(affy_scan_annot)
scanAnnot <- ScanAnnotationDataFrame(affy_scan_annot)
genoData <-  GenotypeData(nc, scanAnnot=scanAnnot)

missingRate <- missingGenotypeBySnpSex(genoData)
close(genoData)

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