R语言 GWASTools包 missingGenotypeByScanChrom()函数中文帮助文档(中英文对照)

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missingGenotypeByScanChrom(GWASTools)
missingGenotypeByScanChrom()所属R语言包：GWASTools

                                        Missing Counts per Scan per Chromosome
                                         失踪每人染色体的扫描计数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function tabulates missing genotype calls for each scan for each chromosome.  
此功能列表为每个扫描每个染色体的缺失基因型分型。


用法----------Usage----------


missingGenotypeByScanChrom(genoData, snp.exclude = NULL,
                           verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：genoData
GenotypeData object
GenotypeData对象


参数：snp.exclude
A vector of IDs corresponding to the SNPs that should be excluded from the overall missing count.
一个向量的ID对应的应排除从整体上缺少计数的单核苷酸多态性。


参数：verbose
Logical value specifying whether to show progress information.
逻辑值，指定是否显示进度信息。


Details

详情----------Details----------

This function calculates the percent of missing genotypes in each chromosome of each scan given in genoData. A "sex" variable must be present in the scan annotation slot of genoData.
此函数计算每个染色体的genoData给每个扫描缺失基因型％。一个“性”的变量必须在扫描注释插槽genoData。


值----------Value----------

This function returns a list with three components: "missing.counts," "snps.per.chr", and "missing.fraction."
该函数返回由三个部分组成的一个列表：“missing.counts”，“snps.per.chr”，“missing.fraction”。


参数：missing.counts
A matrix with rows corresponding to the scans and columns indicating unique chromosomes containing the number of missing SNP's for each scan and chromosome.
相应指示含失踪每次扫描和染色体SNP的数量独特的染色体扫描和列与行的矩阵。


参数：snps.per.chr
A vector containing the number of non-excluded SNPs for each chromosome.
一个向量，每个染色体含有非排斥的SNPs数量。


参数：missing.fraction
A vector containing the fraction of missing counts for each scan over all chromosomes, excluding the Y chromosome for females.
一个向量，为每个扫描的所有染色体，不含Y染色体为女性失踪数分数。


作者（S）----------Author(s)----------


Cathy Laurie



参见----------See Also----------

GenotypeData, missingGenotypeBySnpSex
GenotypeData，missingGenotypeBySnpSex


举例----------Examples----------


library(GWASdata)
file <- system.file("extdata", "affy_geno.nc", package="GWASdata")
nc <- NcdfGenotypeReader(file)

# need scan annotation with sex[需要扫描的注释与性别]
data(affy_scan_annot)
scanAnnot <- ScanAnnotationDataFrame(affy_scan_annot)
genoData <-  GenotypeData(nc, scanAnnot=scanAnnot)

missingRate <- missingGenotypeByScanChrom(genoData)
close(genoData)

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