R语言 GWASTools包 mendelList()函数中文帮助文档(中英文对照)

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mendelList(GWASTools)
mendelList()所属R语言包：GWASTools

                                        Mendelian Error Checking
                                         孟德尔错误检查

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

mendelList creates a "mendelList" object (a list of trios). mendelListAsDataFrame converts a "mendelList" object to a data frame.
mendelList创建一个“mendelList”对象（三重奏名单）。 mendelListAsDataFrame转换“mendelList”的一个数据框的对象。


用法----------Usage----------


mendelList(familyid, offspring, father, mother, sex, scanID)

mendelListAsDataFrame(mendel.list)



参数----------Arguments----------

参数：familyid
A vector of family ID numbers.
一个家庭身份证号码的向量。


参数：offspring
A vector of offspring ID numbers.
一个后代的身份证号码的向量。


参数：father
A vector of father ID numbers.
一个父亲身份证号码的向量。


参数：mother
A vector of mother ID numbers.
一个母亲的身份证号码的向量。


参数：sex
A vector to specify whether each scan is male "M" or female "F".
一个向量来指定每次扫描是否是男性的“M”或女性的“F”。


参数：scanID
A vector of unique scan identification numbers.  These will be used to identify scans in output.
一个独特的扫描识别号码的向量。这些将被用来识别扫描输出。


参数：mendel.list
An object of class "mendelList".
一个对象类“mendelList”。


Details

详情----------Details----------

The lengths of familyid, offspring, father, mother, sex, and scanID must all be identical. The "mendelList" object is required as input for the mendelErr function.
长度familyid，offspring，father，mother，sex，scanID都必须是相同的。 “mendelList”对象是需要输入mendelErr功能。


值----------Value----------

mendelList returns a "mendelList" object.  A "mendelList" object is a list of lists. The first level list is all the families. The second level list is offspring within families who have one or both parents genotyped. Within the second level are data.frame(s) with columns "offspring", "father", and "mother" which each contain the scanID for each member of the trio (a missing parent is denoted by -1). When replicates of the same offsping ID occur (duplicate scans for the same subject), this data.frame has multiple rows representing all combinations of scanIDs for that trio.
mendelList返回“mendelList”的对象。一个“mendelList”对象是一个列表。第一级列表是所有的家庭。第二级列表是在家庭中有一方或双方父母基因的后代。在第二个层次是数据框列“后代”（S），“父亲”，“母亲”，每个包含每个成员三人（失踪的父母表示-1）scanID。当发生相同offsping ID（重复扫描同一主题）重复，这个数据框有多个行，代表该三人所有的scanIDs的组合。

mendelListAsDataFrame  returns a data.frame with variables "offspring", "father", and "mother" which each contain the scanID for each member of the trio (a missing parent is denoted by -1).  This takes every data.frame from the "mendelList" object and puts them all into one large data frame.  This can be easier to work with for certain analyses.
mendelListAsDataFrame返回数据框与变量“后代”，“父亲”，“母亲”，每个包含的每个成员三人（失踪的父母表示-1）scanID。这需要从“mendelList”对象的每一个数据框，并把所有的一个大的数据框。这可能是更容易与某些分析工作。


作者（S）----------Author(s)----------


Xiuwen Zheng, Matt Conomos



参见----------See Also----------

mendelErr
mendelErr


举例----------Examples----------


# get sample annotation[得到样品注解]
library(GWASdata)
data(affy_scan_annot)

# generate trio list[生成三人名单]
men.list <- with(affy_scan_annot, mendelList(family, subjectID, father, mother, sex, scanID))

class(men.list)
# [1] "mendelList"[[1]“mendelList”]

# convert into a data.frame[转换成数据框]
men.df <- mendelListAsDataFrame(men.list)

class(men.df)
# [1] "data.frame"[[1]“数据框”]

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