R语言 GWASTools包 manhattanPlot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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manhattanPlot(GWASTools)
manhattanPlot()所属R语言包：GWASTools

                                         Manhattan plot for genome wide association tests
                                         全基因组关联测试曼哈顿图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generates a manhattan plot of the results of a genome wide association test.
生成的全基因组关联测试结果的曼哈顿图。


用法----------Usage----------


manhattanPlot(p, chromosome,
              chrom.labels = c(1:22,"X","XY","Y","M"),
              ylim = NULL, trunc.lines = TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：p
A vector of p-values.
p值向量。


参数：chromosome
A vector containing the integer chromosome ID for each SNP.
包含整数染色体编号为每个SNP的一个向量。


参数：chrom.labels
A vector of chromosome names to use in the plot.
染色体名向量使用中的图。


参数：ylim
The limits of the y axis.  If NULL, the y axis is (0,     log10(length(p)) + 4).
y轴的限制。如果为NULL，y轴是(0,     log10(length(p)) + 4)。


参数：trunc.lines
Logical value indicating whether to show truncation lines.
逻辑值，该值指示是否显示截断线。


参数：...
Other parameters to be passed directly to plot.
其他参数将直接传递到plot。


Details

详情----------Details----------

Plots -log10(p) versus chromosome.  Point size is scaled so that smaller p values have larger points.
图LOG10（P）与染色体。使较小的p值有较大的点，点的大小缩放。

Plot limits are determined as follows: if ylim is provided, any points with -log10(p) > ylim[2] are plotted as triangles at the maximum y value of the plot.  A line will be drawn to indicate trunctation (if trunc.lines == TRUE, the default).  If ylim == NULL, the maximum y value is defined as log10(length(p)) + 4).
图限制决定如下：ylim如果提供任何与-log10(p) > ylim[2]为三角形绘制在图的最大y值点。 A线将被绘制，表明trunctation（如果trunc.lines == TRUE，默认）。 ylim == NULL如果，最大y值被定义为log10(length(p)) + 4)。


作者（S）----------Author(s)----------


Cathy Laurie




参见----------See Also----------

snpCorrelationPlot
snpCorrelationPlot


举例----------Examples----------


n <- 1000
pvals <- sample(-log10((1:n)/n), n, replace=TRUE)
chromosome <- c(rep(1,500), rep(2,500))
manhattanPlot(pvals, chromosome, chrom.labels=c(1,2))

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