genoClusterPlot(GWASTools)
genoClusterPlot()所属R语言包：GWASTools
SNP cluster plots
SNP聚类图
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Generates either X,Y or R,Theta cluster plots for specified SNP's.
指定的SNP的产生可用的X，Y或R，西塔聚类图。
用法----------Usage----------
genoClusterPlot(intenData, genoData, plot.type = c("RTheta", "XY"),
snpID, main.txt = NULL, by.sex= FALSE,
scan.sel = NULL, scan.hilite = NULL,
verbose = TRUE, ...)
genoClusterPlotByBatch(intenData, genoData, plot.type = c("RTheta", "XY"),
snpID, batchVar, main.txt = NULL, scan.sel = NULL,
verbose = TRUE, ...)
参数----------Arguments----------
参数：intenData
IntensityData object containing 'X' and 'Y' values.
IntensityData对象，其中包含“X”和“Y”值。
参数：genoData
GenotypeData object
GenotypeData对象
参数：plot.type
The type of plots to generate. Possible values are "RTheta" (default) or "XY".
图的类型生成。可能的值是的“RTheta”（默认）或“XY”。
参数：snpID
A numerical vector containing the SNP number for each plot.
数值每个小区为向量的SNP号码。
参数：batchVar
A character string indicating which annotation variable should be used as the batch.
一个字符串，指示注释变量应使用批次。
参数：main.txt
A character vector containing the title to give to each plot.
一个特征向量，包含标题，给每个小区。
参数：by.sex
Logical value specifying whether to indicate sex on the plot. If TRUE, sex must be present in intenData or genoData.
逻辑值，指明是否表明图上的性别。如果TRUE，性别必须目前在intenData或genoData。
参数：scan.sel
integer vector of scans to include in the plot. If NULL, all scans will be included.
包括在图的整数向量扫描。如果NULL，将包括所有的扫描。
参数：scan.hilite
integer vector of scans to highlight in the plot with different colors. If NULL, all scans will be plotted with the same colors.
在用不同颜色的图突出的整数向量扫描。如果NULL，所有扫描将具有相同的颜色绘制。
参数：verbose
Logical value specifying whether to show progress.
逻辑值，指定是否显示进度。
参数：...
Other parameters to be passed directly to plot.
其他参数将直接传递到plot。
Details
详情----------Details----------
Either 'RTheta' (default) or 'XY' plots can be generated. R and Theta values are computed from X and Y using the formulas r <- x+y and theta <- atan(y/x)*(2/pi).
无论是“RTheta”（默认）或“的XY图可以生成。 R和的Theta值计算使用的计算公式r <- x+y和theta <- atan(y/x)*(2/pi)X和Y。
If by.sex==TRUE, females are indicated with circles and males with crosses.
如果by.sex==TRUE，女性表示与各界男性与叉乘。
作者（S）----------Author(s)----------
Caitlin McHugh
参见----------See Also----------
IntensityData, GenotypeData
IntensityData，GenotypeData
举例----------Examples----------
# create data object[创建数据对象]
library(GWASdata)
data(affy_scan_annot)
scanAnnot <- ScanAnnotationDataFrame(affy_scan_annot)
data(affy_snp_annot)
snpAnnot <- SnpAnnotationDataFrame(affy_snp_annot)
xyfile <- system.file("extdata", "affy_qxy.nc", package="GWASdata")
xync <- NcdfIntensityReader(xyfile)
xyData <- IntensityData(xync, scanAnnot=scanAnnot, snpAnnot=snpAnnot)
genofile <- system.file("extdata", "affy_geno.nc", package="GWASdata")
genonc <- NcdfGenotypeReader(genofile)
genoData <- GenotypeData(genonc, scanAnnot=scanAnnot, snpAnnot=snpAnnot)
# select first 9 snps[选择前9个SNPs]
snpID <- snpAnnot$snpID[1:9]
rsID <- snpAnnot$rsID[1:9]
par(mfrow=c(3,3)) # plot 3x3[图的3x3]
genoClusterPlot(xyData, genoData, snpID=snpID, main.txt=rsID)
# select samples[选择样本]
scan.sel <- scanAnnot$scanID[scanAnnot$race == "CEU"]
genoClusterPlot(xyData, genoData, snpID=snpID, main.txt=rsID,
scan.sel=scan.sel, by.sex=TRUE)
genoClusterPlot(xyData, genoData, snpID=snpID, main.txt=rsID,
scan.hilite=scan.sel)
genoClusterPlotByBatch(xyData, genoData, snpID=snpID, main.txt=rsID,
batchVar="plate")
close(xyData)
close(genoData)
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发表于 2012-2-25 21:23:30
