CollectionType(GSEABase)
CollectionType()所属R语言包：GSEABase
Collection Type Class Constructors
集合类型的类的构造函数
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
These functions construct collection types. Collection types can be used in manipulating (e.g., selecting) sets, and can contain information specific to particular sets (e.g., 'category' and 'subcategory' classifications of 'BroadCollection'.)
这些功能构建的集合类型。集合类型可以用于操纵（如选择）套，并可以包含特定集（例如，“类别”和“子目录”分类“BroadCollection”的具体信息。）
用法----------Usage----------
NullCollection(...)
ComputedCollection(...)
ExpressionSetCollection(...)
ChrCollection(ids,...)
ChrlocCollection(ids,...)
KEGGCollection(ids,...)
MapCollection(ids,...)
OMIMCollection(ids,...)
PMIDCollection(ids,...)
PfamCollection(ids, ...)
PrositeCollection(ids, ...)
GOCollection(ids=character(0), evidenceCode="ANY", ontology="ANY", ..., err=FALSE)
OBOCollection(ids, evidenceCode="ANY", ontology="ANY", ...)
BroadCollection(category, subCategory=NA, ...)
参数----------Arguments----------
参数：category
(Required) Broad category, one of "c1" (postitional), "c2" (curated), "c3" (motif), "c4" (computational), "c5" (GO).
（必填）大类，“C1”（postitional），“C2”（策划），“C3”（序），“C4”（计算），“C5”（GO）之一。
参数：subCategory
(Optional) Sub-category; no controlled vocabulary.
（可选）子类别;没有控制词汇。
参数：ids
(Optional) Character vector of identifiers (e.g., GO, KEGG, or PMID terms).
（可选）标识符的特征向量（例如，GO，KEGG，或基金项目方面）。
参数：evidenceCode
(Optional) Character vector of GO evidence codes to be included, or "ANY" (any identifier; the default). Evidence is a property of particular genes, rather than of the ontology, so evidenceCode is a convenient way of specifying how users of a GOCollection might restrict derived objects (as in done during create of a gene set from an expression set).
（可选）GO的证据代码的特征向量被收录，或“任何”（任何标识;默认值）。证据是特定基因的财产，而不是本体，所以evidenceCode是一种便捷的方式指定一个GOCollection的用户可能会如何限制派生的对象（如在创建表达式集设置一个基因）。
参数：ontology
(Optional) Character vector of GO ontology terms to be included, or "ANY" (any identifier; the default). Unlike evidence code, ontology membership is enforced when GOCollection gene sets are constructed.
（可选）被列入去本体术语的特征向量，或“any”（任何标识;默认）。不同于证据代码执行时GOCollection基因组构造，本体成员。
参数：err
(Optional) logical scalar indicating whether non-existent GO terms signal an error (TRUE), or are silently ignored (FALSE).
（可选）逻辑标指示是否不存在的GO术语发出错误信号（TRUE），或悄悄地忽略（FALSE）。
参数：...
Additional arguments, usually none but see specific CollectionType classes for possibilities.
额外的参数，通常但没有看到具体CollectionType类的可能性。
值----------Value----------
An object of the same class as the function name, initialized as appropriate for the collection.
一个函数名相同的类的对象，初始化为适当的集合。
作者（S）----------Author(s)----------
Martin Morgan <mtmorgan@fhcrc.org>
参见----------See Also----------
CollectionType,
CollectionType
举例----------Examples----------
NullCollection()
## NullCollection when no collection type specified[＃NullCollection时没有指定集合类型]
collectionType(GeneSet())
collectionType(GeneSet(collectionType=GOCollection()))
## fl could be a url[＃FL可能是一个网址]
fl <- system.file("extdata", "Broad.xml", package="GSEABase")
gs1 <- getBroadSets(fl)[[1]]
collectionType(gs1) # BroadCollection[BroadCollection]
## new BroadCollection, with different category[＃的新BroadCollection，不同类别]
bc <- BroadCollection(category="c2")
## change collectionType of gs2[＃改变GS2 collectionType。]
gs2 <- gs1
collectionType(gs2) <- NullCollection()
## OBOCollection[＃OBOCollection]
fl <- system.file("extdata", "goslim_plant.obo", package="GSEABase")
getOBOCollection(fl, evidenceCode="TAS") # returns OBOCollection[返回OBOCollection]
OBOCollection(c("GO:0008967", "GO:0015119", "GO:0030372", "GO:0002732",
"GO:0048090"))
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注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
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发表于 2012-2-25 21:15:47
