depthmat(GraphAT)
depthmat()所属R语言包:GraphAT
Matrices of depth of association for pairs of YEAST genes with
对酵母基因与深度关联矩阵
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This matrix of depths is used to obtain the predictome data in the paper. This is a symmetric matrix, where the i,j element corresponds to is the maximum depth of all annotations shared by genes i and j. Note that depth of a term in a specific Gene Ontology (BP, CC, MF) is defined as the shortest path between the term and the root node, where distance between nodes is measured by the number of edges traversed. Row labels of the matrix
这种深度的矩阵是用来获取在纸张的predictome的数据。这是一个对称矩阵,其中I,J元素对应的最大深度是由基因i和j共享的所有注释。需要注意的是在一个特定的基因本体论(BP,CC,中频)的术语深度之间的术语和根节点,节点之间的距离走过边缘的数量来衡量的最短路径定义。矩阵的行标签
用法----------Usage----------
data(depthmatBP)
格式----------Format----------
Each of three matrices, namely depthmatBP.rda, depthmatCC.rda, depthmatMF.rda is a symmetric matrix whose rows and columns correspond to specific YEAST genes (see row labels using row.names()). The i,j entry
每三个矩阵,即depthmatBP.rda,depthmatCC.rda,depthmatMF.rda是一个对称矩阵的行和列,对应到特定的酵母基因(见行标签使用row.names())。 I,J条目
源----------Source----------
http://www.geneontology.org
举例----------Examples----------
data(depthmatBP)
print(row.names(depthmatBP)[1:10])
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注:
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