R语言 GraphAlignment包 InitialAlignment()函数中文帮助文档(中英文对照)

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InitialAlignment(GraphAlignment)
InitialAlignment()所属R语言包：GraphAlignment

                                        Create initial alignment
                                         创建初始对准

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Create a permutation for an initial alignment. Either "random" or "reciprocal" may be specified as the mode argument.
创建一个初始对准排列。模式参数可以被指定为“随机”或“对等”。


用法----------Usage----------


InitialAlignment(psize, r=NA, mode="random")



参数----------Arguments----------

参数：psize
size of the alignment
大小对齐


参数：r
node similarity score matrix (required for mode 'reciprocal')
节点的相似性得分矩阵（模式“互惠”的要求）


参数：mode
type of initial alignment
类型的初始对准


Details

详情----------Details----------

To create a random initial alignment of size psize, the InitialAlignment function can be used with the mode argument set to "random". If mode is set to "reciprocal", a reciprocal best match algorithm is applied to the input matrix R to find an initial alignment. This mode requires that the psize argument is sufficiently large to allow for the addition of dummy nodes to which unaligned nodes can formally be aligned.
要创建一个随机的大小本命令的初始对准中，InitialAlignment功能可以用来与模式参数设置为“随机”。如果模式设置为“对等”，相互最佳匹配算法应用到输入矩阵R，找到一个初始对准。此模式要求，本命令参数足够大，允许除了正式对齐未对齐节点的虚拟节点。


值----------Value----------

The return value is a permutation vector of the specified size.
返回值是一个指定的大小排列向量。


作者（S）----------Author(s)----------


Joern P. Meier, Michal Kolar, Ville Mustonen, Michael Laessig, and Johannes Berg



举例----------Examples----------


  ex<-GenerateExample(dimA=22, dimB=22, filling=.5, covariance=.6,
    symmetric=TRUE, numOrths=10, correlated=seq(1,18))
  
  pinitial<-InitialAlignment(psize=34, r=ex$r, mode="reciprocal")

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