R语言 GraphAlignment包 ComputeScores()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ComputeScores(GraphAlignment)
ComputeScores()所属R语言包：GraphAlignment

                                        Compute scores
                                         计算分数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Compute scores.
计算分数。


用法----------Usage----------


ComputeScores(A, B, R, P, linkScore, selfLinkScore, nodeScore1,
  nodeScore0, lookupLink, lookupNode, symmetric=TRUE, clamp=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：A
adjacency matrix for network A
邻接矩阵为网络A


参数：B
adjacency matrix for network B
网络B的邻接矩阵


参数：R
node similarity matrix
节点相似矩阵


参数：P
permutation vector to be used as the initial alignment (see InitialAlignment)
置换向量被用来作为初始对准（见InitialAlignment）


参数：linkScore
link score matrix (see ComputeLinkParameters)
链接得分矩阵（见ComputeLinkParameters）


参数：selfLinkScore
self link score matrix (see ComputeLinkParameters)
自链接得分矩阵（见ComputeLinkParameters）


参数：nodeScore1
node score vector (s1) (see ComputeNodeParameters)
节点的得分矢量（S1）（见ComputeNodeParameters）


参数：nodeScore0
node score vector for unaligned nodes (s0) (see ComputeNodeParameters)
未对齐节点的节点得分向量（S0）（见ComputeNodeParameters）


参数：lookupLink
link bin lookup table (see GetBinNumber)
链接斌查找表（见GetBinNumber）


参数：lookupNode
node bin lookup table (see GetBinNumber)
节点槽查找表（见GetBinNumber）


参数：symmetric
network symmetry flag
网络对称性标志


参数：clamp
clamp values to range when performing bin lookups
钳位值范围时执行的bin查找


Details

详情----------Details----------

This function computes log-likelihood scores for an alignment using the specified scoring tables, two networks A and B and their alignment P. The total score of the alignment has two contributions, the first coming from the sequence homology (node similarity, sn) and the second from the similarity of interaction networks (sl).
此函数计算对数似然分数对齐，使用指定的评分表，A和B两个网络和其对齐体育对齐的总得分有两个贡献，从序列的同源性（节点相似，SN）第一次来从相互作用网络（SL）的相似性。


值----------Value----------

The return value is a list containing the link score (sl) and the node score (sn).
返回值是一个列表，其中包含的链接得分（SL）和节点的得分（SN）。


作者（S）----------Author(s)----------


Joern P. Meier, Michal Kolar, Ville Mustonen, Michael Laessig, and Johannes Berg



举例----------Examples----------


  ex<-GenerateExample(dimA=22, dimB=22, filling=.5, covariance=.6,
    symmetric=TRUE, numOrths=10, correlated=seq(1,18))
  
  pinitial<-InitialAlignment(psize=34, r=ex$r, mode="reciprocal")
  
  lookupLink<-seq(-2,2,.5)
  linkParams<-ComputeLinkParameters(ex$a, ex$b, pinitial, lookupLink)
  
  lookupNode<-c(-.5,.5,1.5)
  nodeParams<-ComputeNodeParameters(dimA=22, dimB=22, ex$r,
    pinitial, lookupNode)
  
  al<-AlignNetworks(A=ex$a, B=ex$b, R=ex$r, P=pinitial,
    linkScore=linkParams$ls,
    selfLinkScore=linkParams$ls,
    nodeScore1=nodeParams$s1, nodeScore0=nodeParams$s0,
    lookupLink=lookupLink, lookupNode=lookupNode,
    bStart=.1, bEnd=30,
    maxNumSteps=50)
  
  ComputeScores(A=ex$a, B=ex$b, R=ex$r, P=al,
    linkScore=linkParams$ls,
    selfLinkScore=linkParams$ls,
    nodeScore1=nodeParams$s1, nodeScore0=nodeParams$s0,
    lookupLink=lookupLink, lookupNode=lookupNode,
    symmetric=TRUE)

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