R语言 GraphAlignment包 AnalyzeAlignment()函数中文帮助文档(中英文对照)

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AnalyzeAlignment(GraphAlignment)
AnalyzeAlignment()所属R语言包：GraphAlignment

                                        Analyze an alignment
                                         分析对齐

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Analyze an alignment between two networks.
分析两个网络之间的对齐。


用法----------Usage----------


AnalyzeAlignment(A, B, R, P, lookupNode, epsilon, clamp)



参数----------Arguments----------

参数：A
adjacency matrix for network A
邻接矩阵为网络A


参数：B
adjacency matrix for network B
网络B的邻接矩阵


参数：R
node similarity matrix
节点相似矩阵


参数：P
permutation vector
置换向量


参数：lookupNode
node bin lookup vector
节点斌查找向量


参数：epsilon
node similarity threshold
节点相似性阈值


参数：clamp
clamp values to range when performing bin lookups
钳位值范围时执行的bin查找


Details

详情----------Details----------

This function analyzes an alignment and returns various characteristics.
此功能分析路线和返回的各种特性。


值----------Value----------

The return value is a list containing the results. Defined values are:
返回值是一个列表，其中包含的结果。定义的值如下：

na - number of aligned node pairs
NA  - 对齐节点对数

nb - number of aligned node pairs where neither partner has appreciable sequence similarity with any node in the other network. Appreciable sequence similarity means that r>epsilon. Formally, this is the number of aligned node pairs (ia, ib), where no jb exists such that R[ia, jb] > epsilon and no ja such that R[ja, ib] > epsilon.
NB  - 对齐节点对伴侣有没有明显的序列相似性，在其他网络中的任何节点的数量。可观的序列相似性是指R>小量。在形式上，这是对齐的节点对数（IA，IB），没有JB存在这样的，JB的R [IA]>小量和无JA等的R JA，IB]>小量。

nc - number of aligned node pairs, where the partners have no appreciable sequence similarity, but one or both of them has appreciable sequence similarity with some other node in the other network. Formally, this is the number of aligned node pairs (ia, ib) with R[ia, ib] < epsilon but jb or ja exists, such that R[ia, jb] > epsilon or R[ja, ib] > epsilon.
NC  - 对齐节点对数，其中的合作伙伴没有明显的序列相似性，但其中的一个或两个有明显的序列相似性，与其他一些在其他网络节点。在形式上，这是对齐的节点对数与R（IA，IB）[IA，IB] <小量但JB或JA存在，这样的R [IA，JB]>小量或&#341;的[JA，IB]> ;小量。


作者（S）----------Author(s)----------


Joern P. Meier, Michal Kolar, Ville Mustonen, Michael Laessig, and Johannes Berg



举例----------Examples----------


  ex<-GenerateExample(dimA=22, dimB=22, filling=.5, covariance=.6,
    symmetric=TRUE, numOrths=10, correlated=seq(1,18))
  
  pinitial<-InitialAlignment(psize=34, r=ex$r, mode="reciprocal")
  
  lookupLink<-seq(-2,2,.5)
  linkParams<-ComputeLinkParameters(ex$a, ex$b, pinitial, lookupLink)
  
  lookupNode<-c(-.5,.5,1.5)
  nodeParams<-ComputeNodeParameters(dimA=22, dimB=22, ex$r,
    pinitial, lookupNode)
  
  al<-AlignNetworks(A=ex$a, B=ex$b, R=ex$r, P=pinitial,
    linkScore=linkParams$ls,
    selfLinkScore=linkParams$ls,
    nodeScore1=nodeParams$s1, nodeScore0=nodeParams$s0,
    lookupLink=lookupLink, lookupNode=lookupNode,
    bStart=.1, bEnd=30,
    maxNumSteps=50)
  
  AnalyzeAlignment(A=ex$a, B=ex$b, R=ex$r, P=al, lookupNode,
    epsilon=.5)

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