R语言 GraphAlignment包 AlignedPairs()函数中文帮助文档(中英文对照)

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AlignedPairs(GraphAlignment)
AlignedPairs()所属R语言包：GraphAlignment

                                        Get aligned node pairs
                                         得到一致的节点对

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Create a matrix of pairs of aligned nodes from networks A and B using the permutation vector P, where P is in the format returned by AlignNetworks().
对对齐从网络节点创建一个矩阵A和B使用置换向量P，其中P是在由AlignNetworks（）返回的格式。


用法----------Usage----------


AlignedPairs(A, B, P)



参数----------Arguments----------

参数：A
adjacency matrix for network A
邻接矩阵为网络A


参数：B
adjacency matrix for network B
网络B的邻接矩阵


参数：P
permutation vector to be used as the alignment
对准被用来作为置换向量


Details

详情----------Details----------

This function creates a matrix containing pairs of aligned nodes from networks A and B using the permutation vector P, where P is in the format returned by AlignNetworks.
这个函数创建一个含有对对齐从网络节点的矩阵A和B使用置换向量P，其中P是由AlignNetworks返回格式。


值----------Value----------

The return value is a matrix with two columns. The number of rows is equal to the number of aligned node pairs. Each row in the matrix denotes a pair of aligned nodes. In each row, the first element (index 1) is the label of a node in network A, and the second element (index 2) is the label of a node in network B.
返回值是一个具有两列的矩阵。对齐节点对数是相等的行数。矩阵中的每一行代表一对对齐节点。在每一行的第一个元素（索引1）是在网络一个节点的标签，第二个元素（索引2）是在B网络节点的标签


作者（S）----------Author(s)----------


Joern P. Meier, Michal Kolar, Ville Mustonen, Michael Laessig, and Johannes Berg



举例----------Examples----------


  ex<-GenerateExample(dimA=22, dimB=22, filling=.5, covariance=.6,
    symmetric=TRUE, numOrths=10, correlated=seq(1,18))
  
  pinitial<-InitialAlignment(psize=34, r=ex$r, mode="reciprocal")
  
  lookupLink<-seq(-2,2,.5)
  linkParams<-ComputeLinkParameters(ex$a, ex$b, pinitial, lookupLink)
  
  lookupNode<-c(-.5,.5,1.5)
  nodeParams<-ComputeNodeParameters(dimA=22, dimB=22, ex$r,
    pinitial, lookupNode)
  
  al<-AlignNetworks(A=ex$a, B=ex$b, R=ex$r, P=pinitial,
    linkScore=linkParams$ls,
    selfLinkScore=linkParams$ls,
    nodeScore1=nodeParams$s1, nodeScore0=nodeParams$s0,
    lookupLink=lookupLink, lookupNode=lookupNode,
    bStart=.1, bEnd=30,
    maxNumSteps=50)
  
  alignedPairs<-AlignedPairs(A=ex$a, B=ex$b, al)

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