R语言 goTools包 goTools()函数中文帮助文档(中英文对照)

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goTools(goTools)
goTools()所属R语言包：goTools

                                        Wrapper functions
                                         包装函数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This functions will allow you to describe and compare sets of oligo ids using Gene Ontology database
此功能将使您的描述和比较寡IDS套，使用基因本体数据库


用法----------Usage----------



ontoCompare(genelist,probeType=c("GO","hgu133a"),
goType="All", endnode, method=c("TGenes", "TIDS", "none"), plot=FALSE,
...)

ontoPlot(objM, names.arg=NULL,beside=TRUE, las=2,legend.text=TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：genelist
list of list of valid probe ids.
有效的探针ID的列表列表。


参数：method
method used to evaluate the percentage of oligos for each end-node. 'TGenes' = for each end node, return the number of direct children found / total number of probe ids. (default). This includes oligos which do not have GO annotations. 'TIDS' = for each end node, return the number of direct children found / total number of GO ids describing the list. 'none' = for each end node, return the number of direct children found.
方法来评估每个终端节点的寡核苷酸的比例。 “TGenes =为每个终端节点，返回发现直接/探针IDS总数的儿童人数。 （默认）。这包括不有去注解的寡核苷酸。 “TIDS =为每个终端节点，返回直接去描述列表IDS /总数的儿童人数。 无=为每个终端节点，返回找到直接的儿童数目。


参数：probeType
type of input given to the function.Valid probe types include GO ids and any probes ids for which a BioC annotation package providing a mapping to GO is available. ontoCompare is expecting valid probe ids.
给的function.Valid探针类型的输入类型，包括好ID和任何探针IDS是一个BioC注解包提供映射到去。 ontoCompare预计有效探针IDS。


参数：goType
help sort the data by type. If 'All' (default), all oligos are taken into account. 'BP' restricts information to Biological Process, 'CC' to Cellular Component, and 'MF' to Molecular Function.
帮助类型的数据进行排序。如果“全部”（默认），所有寡核苷酸考虑。 “BP”限制信息，生物过程，“CC”单元成分，“中频”分子功能。


参数：plot
logical: if 'TRUE', results are output as a graph.
逻辑：如果“TRUE”，结果是作为一个图形输出。


参数：endnode
list of GO ids corresponding to end-nodes of interest.
好相应的利益最终节点的IDS列表。


参数：beside
Logical. If 'TRUE', the bars of the barplot are portrayed as juxtaposed bars. See ?barplot for more details.
逻辑。如果“TRUE”，被描绘成并列条形条形barplot。看到了什么？barplot更多细节。


参数：las
numeric: if las=2, the axis labels are displayed perpendicular to the axis. See ?par for more details.
数字：如果拉斯维加斯= 2，轴标签显示垂直轴。看到了什么？更多细节看齐。


参数：legend.text
vector of text used to construct a legend for the plot. See ?barplot for more details.
文字向量用于构建一个传奇的图。看到了什么？barplot更多细节。


参数：objM
results from ontoCompare.
结果从ontoCompare。


参数：names.arg
Labels to use in ontoPlot.
标签，在ontoPlot使用。


参数：...
extra layout parameters to be passed to ontoPlot.
额外的布局参数被传递到ontoPlot。


值----------Value----------

Returns the percentage of probes children of nodes contained in endnode. If 'plot' = TRUE, results are plotted as a pie chart or a bargraph.
返回探针儿童的比例在endnode包含的节点。如果图= TRUE时，结果被绘制饼图或条形图。


作者（S）----------Author(s)----------


Yee Hwa (Jean) Yang, Agnes Paquet



举例----------Examples----------


# Examples use the probeID dataset. For description type ?probeID.[例子使用probeID的的数据集。描述类型？probeID。]
# Not run[不运行]

#library(GO.db)[库（GO.db）]
#data(probeID)[数据（probeID）]
#ontoCompare(affylist, probeType="hgu133a", plot=TRUE)[ontoCompare（affylist，probeType =“hgu133a”，图= TRUE时）]
#res &lt;- ontoCompare(operonlist["L1"], probeType="operon", method="TIDS")[水库< -  ontoCompare（operonlist“母语”]，probeType。=“操纵”，方法=“TIDS”）]
#ontoPlot(res, cex=0.7)[ontoPlot（水库，CEX = 0.7）]

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