R语言 GOSemSim包 Params-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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Params-class(GOSemSim)
Params-class()所属R语言包：GOSemSim

                                        Class "Params"
                                         类“的params”

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A Params contains parameters for calculating GO semantic similarity among GO Terms or Gene Sets.
一个Params包含参数计算GO术语或基因组之间的语义相似度。


插槽----------Slots----------




ontology: one of "MF", "BP", "CC".
ontology：“MF”，“BP”，“抄送”。




organism: one of supported species.
organism：支持的物种之一。




method: Method for calculating GO semantic similarity, one of "Resnik", "Jiang", "Lin", "Rel", "Wang".
method：计算开始语义相似性，“雷斯尼克”，“江郎”，“林”，“REL”，“王”的方法。




combine: Method for combining GO semantic similarity scores, one of "avg", "max", "rcmax", "rcmax.avg"
combine：“相结合，去语义相似度，一个”平均“，”最大“，”rcmax“，”rcmax.avg方法




dropCodes: dropCodes for mapping Gene to GO Terms.
dropCodes：dropCodes使测绘基因去条款。


方法----------Methods----------

Slot access (e.g., setOntology<-) and retrieve (e.g., [) :
插槽的访问（例如，setOntology<-）和检索（例如，[）：




setOntology<- signature(object = "Params")
setOntology < - signature(object = "Params")




setOrganism<- signature(object = "Params")
setOrganism < - signature(object = "Params")




setMethod<- signature(object = "Params")
setMethod < - signature(object = "Params")




setCombineMethod<- signature(object = "Params", value = "character")
setCombineMethod < - signature(object = "Params", value = "character")




[ signature(x="Params", i="character"): subset the Params by index (i="character")
[signature(x="Params", i="character")：子集，通过索引的params（i="character"）

Loading require data:
载入中需要的数据：




loadICdata signature(object = "Params")
loadICdatasignature(object = "Params")




loadAnnoPkg signature(object = "Params")
loadAnnoPkgsignature(object = "Params")




loadGOMap signature(object = "Params")
loadGOMapsignature(object = "Params")

Useful additional methods include:
有用的其他方法包括：




computeIC signature(object = "Params"): compute Information Content of GO
computeICsignature(object = "Params")：计算好信息内容


作者（S）----------Author(s)----------


Guangchuang Yu &lt;guangchuangyu@gmail.com&gt;



参见----------See Also----------

GeneClusterSet Params
GeneClusterSetParams


举例----------Examples----------


## Setting Parameters...[＃设置参数...]
params <- new("Params", ontology="MF", organism="human", method="Wang")

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