R语言 GOSemSim包 mgeneSim()函数中文帮助文档(中英文对照)

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mgeneSim(GOSemSim)
mgeneSim()所属R语言包：GOSemSim

                                        Pairwise Semantic Similarity for a List of Genes
                                         成对的语义相似性的基因名单

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a list of genes, this function calculates pairwise semantic similarities.
鉴于基因的列表，这个函数计算成对的语义相似性。


用法----------Usage----------


mgeneSim(genes, ont = "MF",  organism="human", measure="Wang", drop= "IEA", combine="rcmax.avg")



参数----------Arguments----------

参数：genes
A list of entrez gene IDs.  
Entrez基因的ID列表。


参数：ont
One of "MF", "BP", and "CC" subontologies.
“MF”，“BP”，“消委会”subontologies的之一。


参数：measure
One of "Resnik", "Lin", "Rel", "Jiang" and "Wang" methods.
“雷斯尼克”，“林”，“相对”，“江”和“王”的方法。


参数：organism
One of "anopheles", "arabidopsis", "bovine", "canine", "chicken", "chimp", "coelicolor", "ecolik12", "ecsakai", "fly", "human", "malaria", "mouse", "pig", "rat", "rhesus", "worm", "xenopus", "yeast" and "zebrafish".
“按蚊”，“拟南芥”，“牛”，“犬”，“鸡”，“黑猩猩”，“霉菌”，“ecolik12”，“ecsakai”，“飞” ，“人”，“疟疾”，“老鼠”，“猪”，“鼠”，“猴”，“蠕虫”，“爪”，“酵母”和“斑马鱼” ;


参数：drop
A set of evidence codes based on which certain annotations are dropped. Use NULL to keep all GO annotations.   
在此基础上的一组证据代码的某些注解下降。使用NULL，让所有的GO注释。


参数：combine
One of "max", "average", "rcmax", "rcmax.avg" methods, for combining semantic similarity scores of multiple GO terms associated with protein or multiple proteins assiciated with protein cluster.
“最大”，“平均”，“rcmax”，“rcmax.avg”的方法，assiciated聚类与蛋白质结合语义相似度与蛋白质或多种蛋白质有关的多个GO条款。


值----------Value----------


参数：simMatrix
A Matrix of Pairwise Semantic Similarities
成对语义相似矩阵


参考文献----------References----------

A new method to measure the semantic similarity of go terms Bioinformatics (Oxford, England), 23:0 1274–81, May  2007. ISSN 1460-2059 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17344234 PMID: 17344234
Semantic similarity measures as tools for exploring the gene ontology Pacific Symposium on Biocomputing Pacific Symposium on Biocomputing, 2003:601-12, ISSN 1793-5091 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12603061 PMID: 12603061

参见----------See Also----------

goSim mgoSim geneSim clusterSim mclusterSim
goSimmgoSimgeneSimclusterSimmclusterSim


举例----------Examples----------


        mgeneSim(c("835", "5261","241"), ont="MF", organism="human", measure="Wang")

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