R语言 GOSemSim包 geneSim()函数中文帮助文档(中英文对照)

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geneSim(GOSemSim)
geneSim()所属R语言包：GOSemSim

                                        Semantic Similarity Between two Genes
                                         两个基因之间的语义相似性

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given two genes, this function will calculate the semantic similarity between them,  and return their semantic similarity and the corresponding GO terms
鉴于这两个基因，此函数将计算它们之间的语义相似性，并返回他们的语义相似性和相应的GO术语


用法----------Usage----------


        geneSim(gene1, gene2, ont = "MF", organism="human",measure="Wang",  drop= "IEA", combine="rcmax.avg")



参数----------Arguments----------

参数：gene1
Entrez gene id.  
Entrez基因身份证。


参数：gene2
Another entrez gene id.
另一Entrez基因ID。


参数：ont
One of "MF", "BP", and "CC" subontologies.
“MF”，“BP”，“消委会”subontologies的之一。


参数：organism
One of "anopheles", "arabidopsis", "bovine", "canine", "chicken", "chimp", "coelicolor", "ecolik12", "ecsakai", "fly", "human", "malaria", "mouse", "pig", "rat", "rhesus", "worm", "xenopus", "yeast" and "zebrafish".
“按蚊”，“拟南芥”，“牛”，“犬”，“鸡”，“黑猩猩”，“霉菌”，“ecolik12”，“ecsakai”，“飞” ，“人”，“疟疾”，“老鼠”，“猪”，“鼠”，“猴”，“蠕虫”，“爪”，“酵母”和“斑马鱼” ;


参数：measure
One of "Resnik", "Lin", "Rel", "Jiang" and "Wang" methods.
“雷斯尼克”，“林”，“相对”，“江”和“王”的方法。


参数：drop
A set of evidence codes based on which certain annotations are dropped. Use NULL to keep all GO annotations.
在此基础上的一组证据代码的某些注解下降。使用NULL，让所有的GO注释。


参数：combine
One of "max", "average", "rcmax", "rcmax.avg" methods, for combining semantic similarity scores of multiple GO terms associated with protein or multiple proteins assiciated with protein cluster.
“最大”，“平均”，“rcmax”，“rcmax.avg”的方法，assiciated聚类与蛋白质结合语义相似度与蛋白质或多种蛋白质有关的多个GO条款。


值----------Value----------


参数：geneSim
Semantic similarity.
语义相似性。


参数：GO1
Corresponding GO terms for gene1.
gene1相应的GO术语。


参数：GO2
Corresponding GO terms for gene2.
gene2相应的GO术语。


参考文献----------References----------

A new method to measure the semantic similarity of go terms Bioinformatics (Oxford, England), 23:0 1274–81, May  2007. ISSN 1460-2059 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17344234 PMID: 17344234
Semantic similarity measures as tools for exploring the gene ontology Pacific Symposium on Biocomputing Pacific Symposium on Biocomputing, 2003:601-12, ISSN 1793-5091 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12603061 PMID: 12603061

参见----------See Also----------

goSim mgoSim mgeneSim clusterSim mclusterSim       
goSimmgoSimmgeneSimclusterSimmclusterSim


举例----------Examples----------


        geneSim("241", "251", ont="MF", organism="human", measure="Wang")

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