R语言 GOSemSim包 clusterSim()函数中文帮助文档(中英文对照)

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clusterSim(GOSemSim)
clusterSim()所属R语言包：GOSemSim

                                        Semantic Similarity Between Two Gene Clusters
                                         两个基因簇的语义相似性

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given two gene clusters, this function calculates semantic similarity between them.
鉴于两个基因簇，此函数计算它们之间的语义相似度。


用法----------Usage----------


clusterSim(cluster1, cluster2, ont = "MF",  organism="human", measure="Wang", drop= "IEA", combine="rcmax.avg")



参数----------Arguments----------

参数：cluster1
A set of gene IDs.  
一组基因标识。


参数：cluster2
Another set of gene IDs.   
另一套基因标识。


参数：ont
One of "MF", "BP", and "CC" subontologies.
“MF”，“BP”，“消委会”subontologies的之一。


参数：measure
One of "Resnik", "Lin", "Rel", "Jiang" and "Wang" methods.
“雷斯尼克”，“林”，“相对”，“江”和“王”的方法。


参数：organism
One of "anopheles", "arabidopsis", "bovine", "canine", "chicken", "chimp", "coelicolor", "ecolik12", "ecsakai", "fly", "human", "malaria", "mouse", "pig", "rat", "rhesus", "worm", "xenopus", "yeast" and "zebrafish".
“按蚊”，“拟南芥”，“牛”，“犬”，“鸡”，“黑猩猩”，“霉菌”，“ecolik12”，“ecsakai”，“飞” ，“人”，“疟疾”，“老鼠”，“猪”，“鼠”，“猴”，“蠕虫”，“爪”，“酵母”和“斑马鱼” ;


参数：drop
A set of evidence codes based on which certain annotations are dropped. Use NULL to keep all GO annotations.
在此基础上的一组证据代码的某些注解下降。使用NULL，让所有的GO注释。


参数：combine
One of "max", "average", "rcmax", "rcmax.avg" methods, for combining semantic similarity scores of multiple GO terms associated with protein or multiple proteins assiciated with protein cluster.
“最大”，“平均”，“rcmax”，“rcmax.avg”的方法，assiciated聚类与蛋白质结合语义相似度与蛋白质或多种蛋白质有关的多个GO条款。


值----------Value----------


参数：sim
Semantic Similarity.
语义相似性。


参考文献----------References----------

A new method to measure the semantic similarity of go terms Bioinformatics (Oxford, England), 23:0 1274–81, May  2007. ISSN 1460-2059 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17344234 PMID: 17344234
Semantic similarity measures as tools for exploring the gene ontology Pacific Symposium on Biocomputing Pacific Symposium on Biocomputing, 2003:601-12, ISSN 1793-5091 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12603061 PMID: 12603061

参见----------See Also----------

goSim mgoSim geneSim mgeneSim mclusterSim
goSimmgoSimgeneSimmgeneSimmclusterSim


举例----------Examples----------


        cluster1 <- c("835", "5261","241", "994")
        cluster2 <- c("307", "308", "317", "321", "506", "540", "378", "388", "396")
        clusterSim(cluster1, cluster2, ont="MF", organism="human", measure="Wang")

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