basicProfile(goProfiles)
basicProfile()所属R语言包：goProfiles
Builds basic functional profile
建立基本的功能简介
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Compute basic functional profile for a given list of genes/GO identifiers, a given ontology at a given level of the GO
计算给定列表中的基因的基本功能简介/标识符，在给定的GO水平给予本体
用法----------Usage----------
basicProfile(genelist, idType = "Entrez", onto = "ANY", level = 2,orgPackage=NULL, anotPackage=NULL,
ord = TRUE, multilevels = NULL, empty.cats = TRUE, cat.names = TRUE, na.rm = TRUE)
参数----------Arguments----------
参数：genelist
List of genes on which the Profile has to be based
基因名单上有根据的资料
参数：idType
Type of identifiers for the genes. May be 'Entrez' (default), BiocProbes or GoTermsFrame (see details below).
基因标识的类型。可能是“Entrez的”（默认），BiocProbes或GoTermsFrame（详见下文）。
参数：onto
Ontology on which the profile has to be built
本体论上的配置文件有兴建
参数：level
Level of the ontology at which the profile has to be built
在配置文件建立本体的水平
参数：orgPackage
Name of a Bioconductor's organism annotations package ('org.Xx-eg-db'). This field must be provided if the gene list passed to the function is either a character vector of 'Entrez' (NCBI) identifiers or a character vector of probe names
名称1 Bioconductor的有机体注解包（“org.Xx-EG-DB”）。如果传递给函数的基因列表向量（NCBI）的Entrez的“字符的标识符或一个探针名称的字符向量，必须提供这一领域的
参数：anotPackage
Name of Bioconductor's microarray annotations package. This field must be provided if the gene list passed to the function is a character vector of probe names
Bioconductor的芯片注解包的名称。如果传递给函数的基因列表是一个探针名称的字符向量，必须提供这一领域的
参数：ord
Set to 'TRUE' if the profile has to appear ordered by the category names
如果配置出现的类别名称下令设置为“TRUE”
参数：multilevels
If it is not NULL it must be a vector of GO categories that defines the level at where the profile is built
如果它不为NULL，它必须有一个向量GO类别定义的配置文件是建立在水平
参数：empty.cats
Set to 'TRUE' if empty categories should appear in the profile
设置为“TRUE”，如果是空的类别应该出现在配置文件中
参数：cat.names
Set to 'TRUE' if the profile has to contain the names of categories
如果配置文件包含类的名称设置为“TRUE”
参数：na.rm
Set to 'TRUE' if NAs should be removed
如果NAS应该被删除，设置为“TRUE”
Details
详情----------Details----------
The function admits three types of entries: Entrez ('Entrez'), Bioconductor probe set names ('BioCprobes') or a special type of data frames ('GOTermsFrames'). If the identifier type are 'BioCprobes' then an annotation package name must be provided too.
功能承认三种类型的条目：Entrez的（“Entrez的），Bioconductor探针集名称（”BioCprobes）或特殊类型的数据框（GOTermsFrames）。如果标识符类型BioCprobes“，然后一个注解包名称必须提供。
值----------Value----------
An object of class GOProfile (one or more data frames in a list named by the ontologies)
一个类GOProfile的对象（一个或多个数据框由本体命名列表）
作者（S）----------Author(s)----------
Alex Sanchez
参考文献----------References----------
Statistical methods for the analysis of high-throughput data based on functional profiles derived from the gene ontology. Journal of Statistical Planning and Inference, Volume 137, Issue 12, Pages 3975-3989, 2007
参见----------See Also----------
expandedProfile
expandedProfile
举例----------Examples----------
data(CD4Ids)
CD4.MF.Profiles <-basicProfile(genelist=CD4LLids, onto='MF', level=2, orgPackage="org.Hs.eg.db")
print(CD4.MF.Profiles)
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发表于 2012-2-25 20:47:37
