R语言 globaltest包 gt.result-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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gt.result-class(globaltest)
gt.result-class()所属R语言包：globaltest

                                        Class "gt.result" for results of the function globaltest  (Deprecated)
                                         类“gt.result”结果功能globaltest（已过时）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The class gt.result is the output of a call to globaltest and the input of various plotting
类gt.result是一个调用globaltest的输出和输入各种图


插槽----------Slots----------




res: Object of class "matrix". Test results summary.
res：类“矩阵”的对象。测试结果摘要。




eX: Object of class "matrix". The transformed data matrix.
eX：类“矩阵”的对象。转换后的数据矩阵。




genesets: A list of vectors indicating the tested genes.
genesets：表明测试基因的向量。




IminH: Object of class "matrix". Needed when drawing the various
IminH：类“矩阵”的对象。绘制的各种需要




fit: Object of class "list". This list contains one element which is of class "lm",
fit：类“名单”的对象。这个列表包含了一个类“lm”的元素，




method: Object of class "numeric". Indicates the method used for p-value calculation.
method：类“数字”的对象。表示p值计算所用的方法。




PermQs: Object of class "matrix". Stores the permuted test
PermQs：类“矩阵”的对象。存储置换的考验




samplingZs: Object of class "list". Stores the standardized test statistics of random gene sets generated by
samplingZs：类“名单”的对象。存储所产生的随机基因套的标准化考试统计


方法----------Methods----------




show (gt.result): Summarizes the test result.
秀（gt.result）：总结测试结果。




"[" (gt.result): Extracts results of one or more
“[”（gt.result）：提取一个或多个结果




length (gt.result): The number of pathways tested.
长度（gt.result）：测试路径的数目。




size (gt.result): Extracts a vector with the number of genes tested for each pathway.
提取与基因测试每个通路的数量大小（gt.result）：一个向量。




p.value (gt.result): Extracts the p-values.
p.value（gt.result）：提取的P-值。




z.score (gt.result): Extracts z-score (Q - EQ) / sd(Q).
z.score（gt.result）：提取物Z-得分（Q  -  EQ）/ SD（Q）的。




sort (gt.result): Sorts the pathways to increasing p-values.
（gt.result）排序：排序的途径，以提高p-值。




result (gt.result): Extracts the results matrix.
结果（gt.result）：提取的结果矩阵。




names (gt.result): Extracts the pathway names.
名称（gt.result）：提取的通路名称。




names<- (gt.result): Changes the pathway names.
名< - （gt.result）：改变通路名称。




combine (gt.result): Combines two gt.result objects to one,
结合（gt.result）：结合了两种gt.result对象之一，




fit (gt.result): Extracts the fitted (adjust)model.
适合（gt.result）：提取拟合模型（调整）。




hist (gt.result): Produces a histogram to visualize the
历史（gt.result）：产生一个可视化的直方图




geneplot (gt.result): The geneplot produces a plot to show the influence of individual
geneplot（gt.result）：geneplot产生的图，以显示个人的影响




sampleplot (gt.result): The sampleplot produces a plot to show the influence of individual
sampleplot（gt.result）：sampleplot产生的图，以显示个人的影响




permutations (gt.result): The function permutations
排列（gt.result）：功能permutations




sampling (gt.result): The function sampling compares the p-values with p-values of randomly
采样（gt.result）：功能samplingp值比较P-值随机




checkerboard (gt.result): Produces a plot to visualize the test result produced by globaltest by showing the association
棋盘（gt.result）：产生一个图，以可视化的测试结果显示协会globaltest生产




regressionplot (gt.result): Produces a plot which can be used to visualize the effect of specific samples on the test result produced by
regressionplot（gt.result）：产生一个特定样本的影响，对所生产的测试结果可用于可视化的图


注意----------Note----------

gt.result has been deprecated: please use use gt.object instead.
gt.result已过时：请使用gt.object代替。


作者（S）----------Author(s)----------


Jelle Goeman: <a href="mailto:j.j.goeman@lumc.nl">j.j.goeman@lumc.nl</a>; Jan Oosting



参见----------See Also----------

globaltest, sampleplot,
globaltest，sampleplot

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注：
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