R语言 GGtools包 manhPlot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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manhPlot(GGtools)
manhPlot()所属R语言包：GGtools

                                         manhattan plot for an eqtlTests result
                                         曼哈顿图为eqtlTests结果

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

manhattan plot for an eqtlTests result
曼哈顿图为eqtlTests结果


用法----------Usage----------


manhPlot(probeid, mgr, ffind, namedlocvec = NULL, locGRanges = NULL, plotter = smoothScatter, tx = function(x) -log10(1 - pchisq(x, 1)), xlab = paste("pos. on ", names(fflist(mgr))[ffind]), ylab = "-log10 p", suppressGeneLoc=FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：probeid
element of colnames of fflist(mgr)[[ffind]] – the gene of interest, typically  
元colnames fflist（经理）[[ffind]]  - 感兴趣的基因，通常


参数：mgr
an instance of eqtlTestsManager  
一个eqtlTestsManager实例


参数：ffind
index of the ff file of interest – typically identifying a chromosome where SNP locations define the x-axis of the plot  
通常确定一个染色体SNP的位置定义图x轴FF文件的兴趣指数 -


参数：namedlocvec
a vector with named elements, giving SNP locations  
一个命名元素的向量，使SNP的位置


参数：locGRanges
a GRanges instance with SNP locations  
格朗实例与SNP的位置


参数：plotter
function to be used for rendering  
函数被用于渲染


参数：tx
the numbers acquired from the manager are assumed to be chi-squared(1) – this function can be altered to define how the y axis is derived from manager contents  
经理获得的数字被认为是卡方（1） - 此功能可以修改，以确定如何从管理内容的y轴


参数：xlab
label for x axis  
X轴的标签


参数：ylab
label for y axis  
Y轴的标签


参数：suppressGeneLoc
logical; if true, will refrain from trying to indicate gene location on plot.  Important to have TRUE when a trans association is being plotted.  
逻辑;如果消息属实，将不试图表明基因对小区的位置。重要的是有真正当一个跨协会正在策划。


参数：...
passed to plotting function  
传递给绘图功能


作者（S）----------Author(s)----------



VJ Carey <stvjc@channing.harvard.edu>




举例----------Examples----------


if (require(SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20100427)) {
library(GGdata)
hm2ceuSMS = getSS("GGdata", "20", renameChrs="chr20")
library(illuminaHumanv1.db)
cptag = get("CPNE1", revmap(illuminaHumanv1SYMBOL))
indc = which(featureNames(hm2ceuSMS) == cptag[1])
hm = hm2ceuSMS[c(indc,1:19),]  # reduce problem[减少的问题]
hm = hm[chrnum("chr20"),]
td = tempdir()
curd = getwd()
setwd(td)
e1 <- eqtlTests( hm, ~male, targdir="mplex" )
c20  = getSNPlocs("ch20", as.GRanges=TRUE)
sr = ranges(c20)
sr = GRanges(seqnames="chr20", sr)
elementMetadata(sr) = elementMetadata(c20)
names(sr) = paste("rs", elementMetadata(sr)$RefSNP_id, sep="")
# use ffind=1 below because you have confined attention to chr20[使用ffind = 1，因为你已经局限于关注到chr20]
manhPlot( cptag, e1, ffind=1, locGRanges=sr, cex=3)
setwd(curd)
}

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