R语言 GGtools包 imphm3_1KG_20()函数中文帮助文档(中英文对照)

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imphm3_1KG_20(GGtools)
imphm3_1KG_20()所属R语言包：GGtools

                                         snpStats-generated rules from imputing from HapMap phase III loci to 1000 genomes loci – for chromosome 20 only
                                         仅snpStats生成的规则归咎于从HapMap项目第三阶段的位点，1000个基因位点 -  20号染色体

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

snpStats-generated rules from imputing from HapMap phase III loci to 1000 genomes loci – for chromosome 20 only
仅snpStats生成的规则归咎于从HapMap项目第三阶段的位点，1000个基因位点 -  20号染色体


用法----------Usage----------


data(imphm3_1KG_20_mA2)



格式----------Format----------

The format is: Formal class 'snp.reg.imputation' [package "snpStats"] with 1 slots <br> ..@ .Dataist of 110511 <br> .. ..$ ist of 4 <br> .. .. ..$ maf : num 0.2 <br> .. .. ..$ r.squared   : num 1 <br> .. .. ..$ snps        : chr "rs6139074" <br> .. .. ..$ coefficients: num [1:2] 0 1 <br> .. ..$ ist of 4 <br> .. .. ..$ maf      : num 0.117 <br> .. .. ..$ r.squared: num 0.892 <br> .. .. ..$ snps     : chr [1:3] "rs13043000" "rs17685809" "rs1935386" <br> .. .. ..$ hap.probs: num [1:16] 3.01e-01 6.97e-22 1.56e-02 2.36e-20 8.49e-03 ... <br> .. ..$ : NULL
格式是：正规类的snp.reg.imputation“[包的”snpStats“] 1插槽参考.. @数据：110511参考名单.. .. $：4参考名单...... .. .. $ MAF：NUM 0.2参考...... .. .. $ r.squared：NUM 1参考...... .. .. $ SNPS：CHR“rs6139074”<BR>的...... .. .. $系数：NUM [1:2] 0 1参考...... .. $：4参考名单...... .. .. $ MAF：NUM 0.117参考...... .. .. $ r.squared：NUM 0.892参考...... .. .. $ SNPS：CHR [1:3]“rs13043000 rs17685809”“rs1935386”<BR>的“...... .. .. $ hap.probs：NUM [1:16] 3.01e-01 6.97e-22 1.56e-02 2.36e-20 8.49e-03 ...参考...... .. $：空


Details

详情----------Details----------

Generated with snpStats 1.1.1, rules that use the ceu1kg package to define loci and calls for 1000 genomes genotypes for CEU, to allow imputation from the hapmap phase III loci for CEU.  The data object with suffix mA2 was generated with setting mA=2; for suffix mA5, mA was set at 5; see snp.imputation for details on this parameter, which sets the minimum number of observations required for an LD determination to be made for SNP tagging or haplotype modeling.
与1.1.1 snpStats生成，规则，使用的ceu1kg的包定义为持续教育部门1000个基因的基因型位点，并呼吁，允许从HapMap项目第三阶段的持续教育部门的位点的归集。生成与设置毫安= 2的后缀MA2数据对象;后缀MA5，被设置在5毫安;看到snp.imputation此参数，设置为LD测定需要观测的最低数量的详细信息为SNP标记或单体建模。


源----------Source----------

ceuhm3 package was used to define the hapmap phase III loci; locations derived from SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506; ceu1kg package includes metadata and calls derived from the 1000 genomes pilot phase 1 VCF file for CEU.
被用来ceuhm3包定义与HapMap阶段第三位点;位置派生SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506; ceu1kg包包括元数据，并要求从1000基因组试点阶段1 VCF的持续教育部门的文件派生。


举例----------Examples----------


data(imphm3_1KG_20_mA2)
imphm3_1KG_20_mA2[1:10]

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