R语言 GGtools包 eqtlEstimatesManager-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

eqtlEstimatesManager-class(GGtools)
eqtlEstimatesManager-class()所属R语言包：GGtools

                                        Class "eqtlEstimatesManager"
                                         类“eqtlEstimatesManager”

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

management of out-of-memory (ff-based) resources for eQTL association estimates and their standard errors
管理外的内存（基于FF）eQTL协会估计资源和标准错误


类的对象----------Objects from the Class----------

Objects can be created by calls of the form new("eqtlEstimatesManager", ...). Objects include metadata and ff-based reference elements.
创建对象可以通过检测的形式new("eqtlEstimatesManager", ...)。对象包括元数据和基于FF-参考元素。


插槽----------Slots----------




fflist: Object of class "list"; each element is an ff object for accessing disk-resident matrices; typically
fflist：对象类"list";每个元素是一个FF磁盘居民矩阵的访问对象;通常




call: Object of class "call" for auditing
call类"call"审计对象




sess: Object of class "ANY" sessionInfo for
sess类"ANY"sessionInfo对象




exdate: Object of class "ANY" creation date
exdate类"ANY"创建日期：对象




shortfac: Object of class "numeric" multiplier
shortfac：对象类"numeric"乘数




geneanno: Object of class "character" name
geneanno类"character"名对象




df: Object of class "numeric" number of
df类"numeric"数：对象




summaryList: Object of class "list" col.summary is applied for each chromosome, so we can retrieve MAF
summaryList：对象类"list"col.summary适用于每个染色体，这样我们就可以检索农林部


延伸----------Extends----------

Class "eqtlTestsManager", directly.
类"eqtlTestsManager"，直接。


方法----------Methods----------




[ signature(x = "eqtlEstimatesManager", i = "ANY", j = "ANY", drop = "ANY"): drop is used to pick the 3rd dimension of the
[signature(x = "eqtlEstimatesManager", i = "ANY", j = "ANY", drop = "ANY")：drop用来挑选的第三维


举例----------Examples----------


showClass("eqtlEstimatesManager")
data(smlSet.example)
curd = getwd()
td = tempdir()
setwd(td)
applier = lapply
if ("multicore" %in% installed.packages()[,1] & .Platform$OS.type != "windows") {
  library(multicore)
  applier = mclapply
}
te = eqtlEstimates( smlSet.example[1:15,], ~male, geneApply=applier )
te
pm = probesManaged(te,1)
sm = snpsManaged(te,1)
te[ rsid(sm[1]), probeId(pm[1]), 1L ]
te[ rsid(sm[1]), probeId(pm[1]), 2L ]
ex = exprs(smlSet.example)[pm[1],]
male = smlSet.example$male
summary(lm(ex~male+as(smList(smlSet.example)[[1]][, sm[1]], "numeric")))
setwd(curd)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。