R语言 ggbio包 plotSpliceSum()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotSpliceSum(ggbio)
plotSpliceSum()所属R语言包：ggbio

                                        Plot Splice Summary from RNA-seq data
                                         图的RNA-seq的数据拼接摘要

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plot splice summary by simply counting overlaped junction read in weighted way or not.
图剪接摘要通过简单的计数overlaped交界加权方式或不读。


用法----------Usage----------


## For character,GRangesList
## S4 method for signature 'character,GRangesList'
plotSpliceSum(data, model, ..., weighted = TRUE)
## For character,TranscriptDb
## S4 method for signature 'character,TranscriptDb'
plotSpliceSum(data, model, which,
      ..., weighted = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：data
A character specifying the bam file path of RNA-seq data.  
字符指定RNA-seq的数据BAM文件路径。


参数：model
A GRangesList which represting different isoforms, or a TranscriptDb object. In the second case, users need to pass "which" argument which is a GRanges object to specify the region. And we get connonical model internally.  
一个GRangesList这represting不同的亚型，或TranscriptDb对象。在第二种情况下，用户需要通过“这”的说法是一个农庄的对象到指定的区域。和我们内部得到connonical模型。


参数：which
A GRanges object specifying the region you want to get model from the TranscriptDb object.  
一个的农庄对象指定你想获得从TranscriptDb对象模型的区域。


参数：weighted
If TRUE, weighted by simply add 1/cases matched to each model and if FALSE, simply add 1 to every case.  
如果TRUE，只需添加匹配每个模型1/cases如果加权FALSE，只需添加1到每一宗情况。


参数：...
Extra arugments passed to qplot function. such as, offset which control the height of chevron.  
额外qplot函数arugments通过。例如，offset控制字形的高度。


Details

详情----------Details----------

Internally we use biovizBase:::spliceSummary for simple counting, but we encourage users to use their own robust way to make slicing summary and store it as GRangesList, then plot the summary by qplot function.
在国内，我们使用简单的计数biovizBase ::: spliceSummary，但我们鼓励用户使用自己强大的方式，使切片总结和它存储为GRangesList，然后图qplot功能摘要。


值----------Value----------

A ggplot object.
一个ggplot对象。


作者（S）----------Author(s)----------


Tengfei Yin



参见----------See Also----------

qplot
qplot


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
bamfile <- system.file("extdata", "SRR027894subRBM17.bam", package="biovizBase")
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)
txdb <- Hsapiens_UCSC_hg19_knownGene_TxDb
data(genesymbol)
exons <- exonsBy(txdb, by = "tx")
exons.rbm17 <- subsetByOverlaps(exons, genesymbol["RBM17"])
plotSpliceSum(bamfile, exons.rbm17)
plotSpliceSum(bamfile, exons.rbm17, weighted = FALSE, offset = 0.01)
plotSpliceSum(bamfile, txdb, which = genesymbol["RBM17"])
plotSpliceSum(bamfile, txdb, which = genesymbol["RBM17"], offset = 0.01)
plotSpliceSum(bamfile, txdb, which = genesymbol["RBM17"],
              show.label = TRUE,
              label.type = "count")

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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