R语言 ggbio包 plotMismatchSum()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotMismatchSum(ggbio)
plotMismatchSum()所属R语言包：ggbio

                                        Plot mismatch summary for short read
                                         积为短读错配总结

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Showing only mismatch read counts as color coded stacked barchart or with coverage for background.
显示唯一的错配读净值表颜色编码堆积或覆盖的背景计数。


用法----------Usage----------


  plotMismatchSum(obj, show.coverage = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：obj
obj should be a GRanges object, usually returned by pileupGRAngesAsVariantTable function. Or is a GRanges object with arbitrary column: read, ref, count, depth, match.  
obj应为GRanges对象，通常由pileupGRAngesAsVariantTable函数返回。或GRanges任意列的对象：读，编号，数量，深度，匹配。


参数：show.coverage
A logical value indicate whether to show the coverage or not. Default is TRUE.  
一个逻辑值，指明是否显示覆盖或没有。默认TRUE。


Details

详情----------Details----------

Color for DNA bases are specified in the biovizBase package and retrieved in the options. Please see getBioColor for more information.
DNA碱基的颜色指定在biovizBase包，并在检索的选项。请看到getBioColor更多信息。


值----------Value----------

A ggplot object.
一个ggplot对象。


作者（S）----------Author(s)----------


Tengfei Yin



举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
data(genesymbol)
library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)   
bamfile <- system.file("extdata", "SRR027894subRBM17.bam", package="biovizBase")
gr <- GRanges("chr10", IRanges(6134000, 6135000))
test <- pileupAsGRanges(bamfile, region = gr)
test.match <- pileupGRangesAsVariantTable(test, Hsapiens)
## use plotMismatchSum directly[＃直接使用plotMismatchSum，]
p <- plotMismatchSum(test.match, FALSE)
p <- plotMismatchSum(test.match, TRUE)
## use qplot generic function[＃使用qplot通用功能。]
p <- qplot(test.match, geom = "mismatch.summary")
p <- qplot(test.match, geom = "mismatch.summary", show.coverage = FALSE)

library(Rsamtools)

## for character[＃字符]
p <- qplot(bamfile, which = gr, bsgenome = Hsapiens,
      geom = "mismatch.summary", show.coverage = TRUE)
p <- qplot(bamfile, which = gr, bsgenome = Hsapiens,
      geom = "mismatch.summary", show.coverage = FALSE)

## for BamFile[＃为BamFile]
p <- qplot(BamFile(bamfile), which = gr, bsgenome = Hsapiens,
      geom = "mismatch.summary", show.coverage = TRUE)
p <- qplot(BamFile(bamfile), which = gr, bsgenome = Hsapiens,
      geom = "mismatch.summary", show.coverage = FALSE)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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