R语言 GGBase包 MAFfilter()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

MAFfilter(GGBase)
MAFfilter()所属R语言包：GGBase

                                         restrict SNP in an smlSet to range of minor allele frequencies (MAF) or genotype frequencies (GTF)
                                         限制的SNP在smlSet范围次要等位基因频率（MAF），或基因型频率（广交会）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

restrict SNP in an smlSet to range of minor allele frequencies (MAF) or genotype frequencies
限制在smlSet SNP的次要等位基因频率（MAF），或基因型频率范围


用法----------Usage----------


MAFfilter(x, lower = 0, upper = 1)
GTFfilter(x, lower = 0)



参数----------Arguments----------

参数：x
smlSet instance  
smlSet实例


参数：lower
numeric lower bound on minor allele frequency or genotype frequency for keeping a SNP  
数字较低的次要等位基因频率和基因型频率的约束，保持一个SNP


参数：upper
numeric upper bound on minor allele frequency for keeping a SNP  
数字上的约束次要等位基因频率为保持一个SNP


Details

详情----------Details----------

uses SnpMatrix-class summary method from snpStats
使用SnpMatrix-class从snpStats汇总方法


值----------Value----------

revised instance of smlSet-class
smlSet-class修改实例


作者（S）----------Author(s)----------



VJ Carey <stvjc@channing.harvard.edu>




举例----------Examples----------


data(smlSet.example)
sapply(smList(MAFfilter(smlSet.example, lower=.1)), dim)
sapply(smList(GTFfilter(smlSet.example, lower=.1)), dim)

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注：
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