getGEOfile(GEOquery)
getGEOfile()所属R语言包：GEOquery
Download a file from GEO soft file to the local machine
从地球软文件下载到本地计算机的文件
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function simply downloads a SOFT format file associated with the GEO accession number given.
此功能只需下载一个软GEO的加入给定数量的格式文件。
用法----------Usage----------
getGEOfile(GEO, destdir = tempdir(), AnnotGPL = FALSE, amount = c("full", "brief", "quick", "data"))
参数----------Arguments----------
参数：GEO
Character string, the GEO accession for download (eg., GDS84, GPL96, GSE2553, or GSM10)
字符串，下载（如GDS84，GPL96，GSE2553，或GSM10）的加入GEO
参数：destdir
Directory in which to store the resulting downloaded file. Defaults to tempdir()
目录中储存产生的下载文件。默认到TEMPDIR（）
参数：AnnotGPL
A boolean defaulting to FALSE as to whether or not to use the Annotation GPL information. These files are nice to use because they contain up-to-date information remapped from Entrez Gene on a regular basis. However, they do not exist for all GPLs; in general, they are only available for GPLs referenced by a GDS
一个布尔值，默认为FALSE是否或不使用GPL的注释信息。这些文件是很好用的，因为它们包含到的最新信息，定期从Entrez的基因重新映射。然而，他们不存在的所有GPLS在一般情况下，他们只由GDS引用GPLS
参数：amount
Amount of information to pull from GEO. Only applies to GSE, GPL, or GSM. See details...
拉从GEO信息的数量。仅适用于GSE，GPL，或GSM。查看详情...
Details
详情----------Details----------
This function downloads GEO SOFT files based on accession number. It does not do any parsing. The first two arguments should be fairly self-explanatory, but the last is based on the input to the acc.cgi url at the geo website. In the default "full" mode, the entire SOFT format file is downloaded. Both "brief" and "quick" offer shortened versions of the files, good for "peeking" at the file before a big download on a slow connection. Finally, "data" downloads only the data table part of the SOFT file and is good for downloading a simple EXCEL-like file for use with other programs (a convenience).
此功能根据加入人数的地球软文件下载。它不会做任何解析。前两个参数应该是相当不言自明，但最后的基础上，在GEO网站acc.cgi URL输入。在默认的“全”的模式，整个软格式的文件下载。既“简单”和“快”要约缩短版本的文件，“偷看”前下载速度较慢的连接上的大文件。最后，“数据”下载软文件的数据表的一部分，是下载一个简单的类似Excel文件与使用其他方案（便利）。
值----------Value----------
Invisibly returns the full path of the downloaded file.
无形返回下载文件的完整路径。
作者（S）----------Author(s)----------
Sean Davis
参考文献----------References----------
<h3>See Also</h3>
举例----------Examples----------
# myfile <- getGEOfile('GDS10')[MYFILE < - getGEOfile（“GDS10）]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 19:40:08
