R语言 GEOquery包 Converting()函数中文帮助文档(中英文对照)

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Converting(GEOquery)
Converting()所属R语言包：GEOquery

                                        Convert a GDS data structure to a BioConductor data structure
                                         GDS数据结构转换到BioConductor数据结构

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Functions to take a GDS data structure from getGEO and coerce it to limma MALists or ExpressionSets.  
功能，以从getGEO采取GDS的数据结构和强迫它limma MALists或ExpressionSets。


用法----------Usage----------


GDS2MA(GDS,do.log2=FALSE,GPL=NULL,AnnotGPL=TRUE)
GDS2eSet(GDS,do.log2=FALSE,GPL=NULL,AnnotGPL=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：GDS
The GDS datastructure returned by getGEO
getGEO返回GDS的数据结构


参数：do.log2
Boolean, should the data in the GDS be log2 transformed before inserting into the new data structure
布尔，应在GDS中的数据插入到新的数据结构前，转化的log2


参数：GPL
Either a GPL data structure (from a call to getGEO) or NULL.  If NULL, this will cause a call to getGEO to produce a GPL. The gene information from the GPL is then used to construct the genes slot of the resulting limma MAList object or the featureData slot of the ExpressionSet instance.  
无论是GPL的数据结构（调用到getGEO从）或NULL。如果为NULL，这将导致调用一个getGEO产生GPL。从GPL的基因信息，然后用于建造genes造成limma插槽MAList对象或featureData实例插槽ExpressionSet。“


参数：AnnotGPL
In general, the annotation GPL files will be available for GDS records, so the default is to use these files over the user-submitted GPL files
在一般情况下，注释GPL的文件将是GDS的记录，所以默认是使用用户提交的GPL的文件，这些文件


Details

详情----------Details----------

This function just rearranges one data structure into another.  For GDS, it also deals appropriately with making the "targets" list item for the limma data structure and the phenoData slot of ExpressionSets.
这个函数只是重新安排成另一种数据结构。对于GDS的，它也涉及到适当的“目标”列表项的limma数据结构和ExpressionSets phenoData插槽。


值----------Value----------


参数：GDS2MA
A limma MAList
一个limma MAList


参数：GDS2eSet
An ExpressionSet object
一个ExpressionSet对象


作者（S）----------Author(s)----------


Sean Davis



参考文献----------References----------

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。