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GEOmetadb-package(GEOmetadb)
GEOmetadb-package()所属R语言包：GEOmetadb

                                         Query NCBI GEO metadata from a local SQLite database
                                         从本地SQLite数据库查询NCBIGEO元数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) represents the largest public repository of microarray data. However, finding data of interest can be challenging using current tools. GEOmetadb is an attempt to make access to the metadata associated with samples, platforms, and datasets much more feasible. This is accomplished by parsing all the NCBI GEO metadata into a SQLite database that can be stored and queried locally. GEOmetadb is simply a thin wrapper around the SQLite database along with associated documentation. Finally, the SQLite database is updated regularly as new data is added to GEO and can be downloaded at will for the most up-to-date metadata.
NCBI的基因表达的综合（GEO）的微阵列数据的最大的公共库。然而，寻找感兴趣的数据可以挑战，利用现有的工具。 GEOmetadb是企图使样品，平台和数据集，更可行的相关元数据的访问。这是通过解析成一个SQLite数据库，可以存储和查询本地所有NCBI的GEO元数据。 GEOmetadb围绕SQLite数据库是一个简单的瘦包装连同相关文件。最后，SQLite数据库，定期更新，新的数据添加到地球同步轨道的最先进的最新的元数据，可以随意下载。


Details

详情----------Details----------


作者（S）----------Author(s)----------



Jack Zhu and Sean Davis

Maintainer: Jack Zhu <zhujack@mail.nih.gov>




参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


if(file.exists('GEOmetadb.sqlite')) {
  a <- columnDescriptions()[1:5,]
  b <- geoConvert('GPL97','GSM')
} else {
  print("use getSQLiteFile() to get a copy of the GEOmetadb SQLite file
and then rerun the example")
}

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。