R语言 genoset包 segs2Rle()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

segs2Rle(genoset)
segs2Rle()所属R语言包：genoset

                                        Make Rle from segments for one sample...
                                         从一个样品段RLE ...

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Make Rle from segments for one sample
从细分为一个样品的RLE


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：segs
data.frame of segments, formatted as output of segment function from DNAcopy package
数据框，段段功能输出格式DNAcopy包


参数：locs
RangedData, like locData slot of a GenoSet
的RangedData，像locData插槽1 GenoSet的


Details

详情----------Details----------

Take output of CBS, make Rle representing all features in 'locs' ranges. CBS output contains run length and run values for genomic segmetns, which could very directly be converted into a Rle. However, as NA values are often removed, especially for mBAF data, these run lengths do not necessarily cover all features in every sample. Using the start and top positions of each segment
CBS的输出，使RLE代表“LOCS范围的所有功能。哥伦比亚广播公司的输出包含为的基因segmetns，这很可能直接转换成RLE运行的长度和运行值。然而，为NA值经常被删除，尤其是mBAF数据，这些运行长度不一定包括每个样本中的所有功能。使用start和各分部的高层职位


值----------Value----------

Rle with run lengths and run values covering all features in the data set.
RLE与运行长度和覆盖数据集的所有功能的运行值。


作者（S）----------Author(s)----------


Peter M. Haverty <a href="mailto:phaverty@gene.com">phaverty@gene.com</a>



举例----------Examples----------


segs = runCBS( lrr(baf.ds), locData(baf.ds), return.segs=TRUE )

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注：
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