R语言 genoset包 runCBS()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

runCBS(genoset)
runCBS()所属R语言包：genoset

                                        Run CBS Segmentation
                                         运行哥伦比亚广播公司分割

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Utility function to run CBS's three functions on one or more samples
CBS的三项职能上运行一个或多个样品的实用功能


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：data
numeric matrix with continuous data in one or more columns
数字矩阵与一个或多个列中的连续数据


参数：locs
RangeData, like locData slot of GenoSet
RangeData，像locData槽的GenoSet


参数：return.segs
logical, if true list of segment data.frames return, otherwise a DataFrame of Rle vectors. One Rle per sample.
逻辑，真正的如果段data.frames的列表返回，否则RLE向量DataFrame。每一个RLE样品。


参数：n.cores
numeric, number of cores to ask multicore to use
数字，核心数量要求多核使用


参数：smooth.region
number of positions to left and right of individual positions to consider when smoothing single point outliers
职位数的左和右各个位置时要考虑的平滑单点离群


参数：outlier.SD.scale
number of SD single points must exceed smooth.region to be considered an outlier
被视为离群值，SD单点的数量必须超过smooth.region


参数：smooth.SD.scale
floor used to reset single point outliers
地板用于重置单点离群


参数：trim
fraction of sample to smooth
部分样品顺利


参数：alpha
pvalue cutoff for calling a breakpoint
pvalue截止调用一个断点


Details

详情----------Details----------

Takes care of running CBS segmentation on one or more samples. Makes appropriate
需要运行一个或多个样品CBS分割的照顾。作出适当的


值----------Value----------

data frame of segments from CBS
从CBS段的数据框


作者（S）----------Author(s)----------


Peter M. Haverty



举例----------Examples----------


probe.names =  paste("p",1:30,sep="")
ds = matrix(c(c(rep(5,20),rep(3,10)),c(rep(2,10),rep(7,10),rep(9,10))),ncol=2,dimnames=list(probe.names,sample.names))
locs = RangedData(ranges=IRanges(start=c(1:20,1:10),width=1,names=probe.names),space=paste("chr",c(rep(1,20),rep(2,10)),sep=""))

seg.rle.result = DataFrame( a1 = Rle(c(rep(5,20),rep(3,10))), a2 = Rle(c(rep(2,10),rep(7,10),rep(9,10))), row.names=probe.names )
seg.list.result = list(
a1 = data.frame( ID=rep("a1",2), chrom=factor(c("chr1","chr2")), loc.start=c(1,1), loc.end=c(20,10), num.mark=c(20,10), seg.mean=c(5,3), stringsAsFactors=FALSE),
a2 = data.frame( ID=rep("a2",3), chrom=factor(c("chr1","chr1","chr2")), loc.start=c(1,11,1), loc.end=c(10,20,10), num.mark=c(10,10,10), seg.mean=c(2,7,9), stringsAsFactors=FALSE)
)

runCBS(ds,locs)  # Should give seg.rle.result[应该给seg.rle.result]

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