R语言 genoset包 rangeSampleMeans()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

rangeSampleMeans(genoset)
rangeSampleMeans()所属R语言包：genoset

                                        Average features in ranges per sample...
                                         在范围内的平均每样功能...

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Average features in ranges per sample
每个样品平均范围的功能


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：query.rd
RangedData object representing genomic regions (genes) to be averaged.
RangedData对象代表的基因组区域（基因）的平均值。


参数：subject
A GenoSet object or derivative
一个GenoSet对象或衍生


参数：assay.element
character, name of element in assayData to use to extract data
字符，assayData元素的名称，使用提取数据


Details

详情----------Details----------

This function takes per-feature genomic data and returns averages for each of a set of genomic ranges. The most obvious application is determining the copy number of a set of genes. The features corresponding to each gene are determined with boundingIndices such that all features with the bounds of a gene (overlaps). The features on either side of the gene unless those positions exactly match the first or last base covered by the gene.  Therefore, genes falling between two features will at least cover two features. This is similar to rangeSampleMeans, but it checks the subject positions for being sorted and not being NA and also treats them as doubles, not ints. Range bounding
此功能需要每个功能基因组数据和回报平均每一套基因组范围内。最明显的应用是确定的一组基因的拷贝数。相应的每一个基因的功能基因（重叠）的范围内的所有功能等boundingIndices决定。基因两侧的功能，除非这些职位完全匹配的基因所涵盖的第一个或最后一个碱基。因此，属于两个功能之间的基因，将至少包括两个功能。这类似rangeSampleMeans的，但它会被排序，而不是被无主体位置，并把他们作为一倍，而不是整数。范围边界


值----------Value----------

numeric matrix of features in each range averaged by sample
由样本平均数字矩阵功能，在每个范围


作者（S）----------Author(s)----------


Peter M. Haverty



参见----------See Also----------

boundingIndices intervalBound
boundingIndices intervalBound


举例----------Examples----------


my.genes = RangedData( ranges=IRanges(start=c(35e6,128e6),end=c(37e6,129e6),names=c("HER2","CMYC")), space=c("chr17","chr8"), universe="hg19")

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