chr-methods(genoset)
chr-methods()所属R语言包:genoset
Look up chromosome for each feature
查找每个功能的染色体
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Chromsome name for each feature
每个功能的染色体名称
参数----------Arguments----------
参数:object
RangedData or GenoSet
RangedData或GenoSet
Details
详情----------Details----------
chr-methods: Get chromosome name for each feature. Returns character, not the factor 'space'.
chr-methods:染色体的名字,每个功能。返回字符,不因素“空间”。
值----------Value----------
chr-methods: character vector of chromosome positions for each feature
chr-methods:每个功能的染色体位置的特征向量
作者(S)----------Author(s)----------
Peter Haverty
举例----------Examples----------
probe.names = letters[1:10]
gs = GenoSet(
locData=RangedData(ranges=IRanges(start=1:10,width=1,names=probe.names),space=c(rep("chr1",4),rep("chr3",2),rep("chrX",4)),universe="hg18"),
cn=matrix(31:60,nrow=10,ncol=3,dimnames=list(probe.names,test.sample.names)),
pData=data.frame(matrix(LETTERS[1:15],nrow=3,ncol=5,dimnames=list(test.sample.names,letters[1:5]))),
annotation="SNP6"
)
chr(gs) # c("chr1","chr1","chr1","chr1","chr3","chr3","chrX","chrX","chrX","chrX")[C(“chr1”,“chr1”,“chr1”,“chr1”,“chr3”,“chr3”,“chrX”,“chrX”,“chrX”,“chrX”)]
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注:
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