R语言 genoset包 BAFSet()函数中文帮助文档(中英文对照)

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BAFSet(genoset)
BAFSet()所属R语言包：genoset

                                        Create a BAFSet object...
                                         创建BAFSet对象...

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Create a BAFSet object
创建BAFSet对象


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：locData
A RangedData object specifying feature chromosome locations. Rownames are required to match featureNames.
指定一个RangedData对象的功能，染色体位置。 rownames需要匹配featureNames。


参数：lrr
numeric matrix of copy number data with rownames matching sampleNames and colnames matching sampleNames
拷贝数数据rownames的匹配sampleNames和colnames匹配sampleNames数字矩阵


参数：baf
numeric matrix of B-Allele Frequency data with rownames matching sampleNames and colnames matching sampleNames
数字矩阵的B等位基因频率数据相匹配sampleNames，colnames匹配sampleNames rownames


参数：pData
A data frame with rownames matching all data matrices
一个数据框rownames匹配所有的数据矩阵


参数：annotation
character, string to specify chip/platform type
字符，字符串指定芯片/平台类型


参数：universe
character, a string to specify the genome universe for locData
字符，字符串，到指定为locData的基因组宇宙


参数：...
More matrix or DataFrame objects to include in assayData slot
更多的矩阵或DataFrame的对象包括在assayData插槽


Details

详情----------Details----------

This function is the preferred method for creating a new BAFSet object. Users are generally discouraged from calling "new" directly. This BAFSet function enforces the requirement for "lrr" and "baf" matrices.  These and any other "..." arguments will become part of the assayData slot of the resulting object. "..." can be matrices or DataFrame objects (from the IRanges package). This function passes control to the "initGenoSet" method which performs argument checking including dimname matching among relevant slots and sets everything to genome order. Genome order can be disrupted by "[" or "[[" calls and will be checked by methods that
此功能是为创建新BAFSet对象的首选方法。用户一般都称“新”，直接从气馁。这BAFSet功能执行“LRR”和“BAF”矩阵的要求。这些和任何其他“...”参数将成为生成的对象assayData槽的一部分。 “......”可以是矩阵或（从IRanges包）DataFrame对象。此功能将控制权交给了的“initGenoSet”的方法执行参数检查，包括dimname有关插槽之间的匹配和设置的基因顺序的一切。基因组的顺序可以打乱了“[”或“[”检测将由检查方法


值----------Value----------

A BAFSet object
一个BAFSet对象


作者（S）----------Author(s)----------


Peter M. Haverty



参见----------See Also----------

bafset-class, genoset-class
bafset级，genoset级


举例----------Examples----------


probe.names = letters[1:10]
locData.rd = RangedData(ranges=IRanges(start=c(1,4,3,2,5:10),width=1,names=probe.names),space=c(rep("chr1",4),rep("chr3",2),rep("chrX",4)),universe="hg18")
bs = BAFSet(
locData=locData.rd,
lrr=matrix(1:30,nrow=10,ncol=3,dimnames=list(probe.names,test.sample.names)),
baf=matrix(31:60,nrow=10,ncol=3,dimnames=list(probe.names,test.sample.names)),
pData=data.frame(matrix(LETTERS[1:15],nrow=3,ncol=5,dimnames=list(test.sample.names,letters[1:5]))),
annotation="SNP6"

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