R语言 Genominator包 plot.genominator.coverage()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plot.genominator.coverage(Genominator)
plot.genominator.coverage()所属R语言包：Genominator

                                         Create coverage plot
                                         创建覆盖面积

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

S3 method to plot genominator.coverage object.  Shows coverage as a function of plotting effort.
S3方法绘制genominator.coverage对象。显示为一个图努力的功能覆盖。


用法----------Usage----------


plot.genominator.coverage(x, type = "l", col = NULL,
  draw.totals = TRUE, draw.legend = TRUE, legend.location = NULL, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
An object of class genominator.coverage, as returned by computeCoverage.  
一个类的对象genominator.coverage，computeCoverage返回。


参数：type
Plot type.  See plot.  
图类型。看到plot。


参数：col
Vector of plotting colors.  
矢量绘图颜色。


参数：draw.totals
Logical indicating whether totals should be drawn.  
逻辑指示是否应制定总数。


参数：draw.legend
Logical indicating whether legend should be drawn.  
逻辑指示是否应提请传说。


参数：legend.location
Vector giving x and y coordinates of legend position.  
媒介给x和y的传奇地位的坐标。


参数：...
Additional arguments for lower-level functions.  
低级函数的附加参数。


值----------Value----------

This method is used for its side effect.
此方法用于其副作用。


作者（S）----------Author(s)----------



James Bullard <a href="mailto:bullard@berkeley.edu">bullard@berkeley.edu</a>, Kasper Daniel
Hansen <a href="mailto:khansen@jhsph.edu">khansen@jhsph.edu</a>




参见----------See Also----------

See Genominator vignette for more information.  See also computeCoverage.
看到Genominator更多信息插曲。还可以看computeCoverage。


举例----------Examples----------


ed <- ExpData(system.file(package = "Genominator", "sample.db"),
              tablename = "raw")
data("yeastAnno")
a <- computeCoverage(ed, yeastAnno, effort = 2^(5:18),
                     cutoff = function(x, ...) x > 1)
plot(a, lwd = 5, col = "grey")
plot(a, draw.totals = FALSE)
ygroups <- rep(c("mut", "wt"), c(2,2))
b <- computeCoverage(ed, yeastAnno, grups = ygroups,
                     effort = 2^(5:18), cutoff = function(x, ...) x > 1)
plot(b)
b <- computeCoverage(ed, yeastAnno, groups = ygroups,
                     effort = 2^(5:18), cutoff = function(x, ...) x > 3,
                     smooth = function(probs) {
                       probs = probs + min(probs[probs!=0])
                       probs = probs/sum(probs)
                     })
plot(b)

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