R语言 GenomicFeatures包 transcriptsByOverlaps()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

transcriptsByOverlaps(GenomicFeatures)
transcriptsByOverlaps()所属R语言包：GenomicFeatures

                                         Extract genomic features from an object based on their by genomic location
                                         他们通过基因组的位置为基础的对象提取基因组功能

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generic functions to extract genomic features for specified genomic locations. This page documents the methods for TranscriptDb objects only.
提取特定的基因位置的基因功能的通用功能。这个页文件只TranscriptDb对象的方法。


用法----------Usage----------


transcriptsByOverlaps(x, ranges,
                      maxgap = 0L, minoverlap = 1L,
                      type = c("any", "start", "end"), ...)
## S4 method for signature 'TranscriptDb'
transcriptsByOverlaps(x, ranges,
                      maxgap = 0L, minoverlap = 1L,
                      type = c("any", "start", "end"),
                      columns = c("tx_id", "tx_name"))

exonsByOverlaps(x, ranges,
                maxgap = 0L, minoverlap = 1L,
                type = c("any", "start", "end"), ...)
## S4 method for signature 'TranscriptDb'
exonsByOverlaps(x, ranges,
                maxgap = 0L, minoverlap = 1L,
                type = c("any", "start", "end"),
                columns = "exon_id")

cdsByOverlaps(x, ranges,
              maxgap = 0L, minoverlap = 1L,
              type = c("any", "start", "end"), ...)
## S4 method for signature 'TranscriptDb'
cdsByOverlaps(x, ranges,
              maxgap = 0L, minoverlap = 1L,
              type = c("any", "start", "end"),
              columns = "cds_id")



参数----------Arguments----------

参数：x
A TranscriptDb object.
TranscriptDb对象。


参数：...
Arguments to be passed to or from methods.
参数被传递到或从方法。


参数：ranges
A GRanges object to restrict the output.
一个的农庄反对限制输出。


参数：type
How to perform the interval overlap operations of the ranges. See the findOverlaps manual page in the GRanges package for more information.
如何执行的时间间隔重叠ranges的操作。农庄包的更多信息，请参阅findOverlaps手册页。


参数：maxgap
A non-negative integer representing the maximum distance between a query interval and a subject interval.
一个非负整数，表示查询的时间间隔和主题之间的间隔的最大距离。


参数：minoverlap
Ignored.
忽略。


参数：columns
Columns to include in the output. See ?transcripts for the possible values.
在输出中包括列。看到?transcripts可能的值。


Details

详情----------Details----------

These functions subset the results of transcripts, exons, and cds function calls with using the results of findOverlaps calls based on the specified ranges.
这些功能的子集transcripts，exons和cds的结果与使用函数调用的结果findOverlaps要求的基础上指定的ranges。


值----------Value----------

a GRanges object
1农庄对象


作者（S）----------Author(s)----------



P. Aboyoun




参见----------See Also----------

TranscriptDb, transcripts
TranscriptDb，transcripts


举例----------Examples----------


  txdb <- loadFeatures(system.file("extdata", "UCSC_knownGene_sample.sqlite",
                                   package="GenomicFeatures"))
  gr <- GRanges(seqnames = rep("chr1",2),
                ranges = IRanges(start=c(500,10500), end=c(10000,30000)),
                strand = strand(rep("-",2)))
  transcriptsByOverlaps(txdb, gr)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。