R语言 GenomicFeatures包 transcripts()函数中文帮助文档(中英文对照)

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transcripts(GenomicFeatures)
transcripts()所属R语言包：GenomicFeatures

                                         Extract genomic features from an object
                                         从对象中提取的基因组功能

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generic functions to extract genomic features from an object. This page documents the methods for TranscriptDb objects only.
从对象中提取的基因组功能的通用功能。这个页文件只TranscriptDb对象的方法。


用法----------Usage----------


transcripts(x, ...)
## S4 method for signature 'TranscriptDb'
transcripts(x, vals=NULL, columns=c("tx_id", "tx_name"))

exons(x, ...)
## S4 method for signature 'TranscriptDb'
exons(x, vals=NULL, columns="exon_id")

cds(x, ...)
## S4 method for signature 'TranscriptDb'
cds(x, vals=NULL, columns="cds_id")



参数----------Arguments----------

参数：x
A TranscriptDb object.  
TranscriptDb对象。


参数：...
Arguments to be passed to or from methods.  
参数被传递到或从方法。


参数：vals
Either NULL or a named list of vectors to be used to restrict the output. Valid names for this list are: "gene_id", "tx_id", "tx_name", "tx_chrom", "tx_strand", "exon_id", "exon_name", "exon_chrom", "exon_strand", "cds_id", "cds_name", "cds_chrom", "cds_strand" and "exon_rank".  
要么NULL或一个被用来限制输出的向量命名名单。这个名单中的有效的名字是："gene_id"，"tx_id"，"tx_name"，"tx_chrom"，"tx_strand"，"exon_id"，"exon_name"， "exon_chrom"，"exon_strand"，"cds_id"，"cds_name"，"cds_chrom"，"cds_strand"和"exon_rank"。


参数：columns
Columns to include in the output. Must be NULL or a character vector with values in the above list of valid names. With the following restrictions:   
在输出中包括列。必须NULL或以上的有效名称列表中的值与特征向量。具有下列限制：

"tx_chrom" and "tx_strand" are not allowed for transcripts.  
"tx_chrom"和"tx_strand"不transcripts允许的。

"exon_chrom" and "exon_strand" are not allowed for exons.  
"exon_chrom"和"exon_strand"不exons允许的。

"cds_chrom" and "cds_strand" are not allowed for cds.  
"cds_chrom"和"cds_strand"不cds允许的。


Details

详情----------Details----------

These are the main functions for extracting transcript information from a TranscriptDb object. They can restrict the output based on categorical information. To restrict the output based on interval information, use the transcriptsByOverlaps, exonsByOverlaps, and cdsByOverlaps functions.
这些成绩单从TranscriptDb对象信息提取的主要职能。他们可以限制基于分类信息的输出。要限制基于间隔的信息输出，使用transcriptsByOverlaps，exonsByOverlaps，cdsByOverlaps功能。


值----------Value----------

a GRanges object
1农庄对象


作者（S）----------Author(s)----------



M. Carlson, P. Aboyoun and H. Pages




参见----------See Also----------

TranscriptDb, id2name, transcriptsBy, transcriptsByOverlaps
TranscriptDb，id2name，transcriptsBy，transcriptsByOverlaps


举例----------Examples----------


  txdb <- loadFeatures(system.file("extdata", "UCSC_knownGene_sample.sqlite",
                                   package="GenomicFeatures"))
  vals <- list(tx_chrom = c("chr3", "chr5"), tx_strand = "+")
  transcripts(txdb, vals)
  exons(txdb, vals=list(exon_id=1), columns=c("exon_id", "tx_name"))
  exons(txdb, vals=list(tx_name="uc009vip.1"), columns=c("exon_id", "tx_name"))

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