R语言 GenomicFeatures包 TranscriptDb-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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TranscriptDb-class(GenomicFeatures)
TranscriptDb-class()所属R语言包：GenomicFeatures

                                        TranscriptDb objects
                                         TranscriptDb对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The  TranscriptDb class is a container for storing transcript annotations. The FeatureDb class is a container for storing more generic GenomicFeature annotations.
TranscriptDb类是一个容器，用于存储的成绩单注释。 FeatureDb类是一个容器，用于存储更多的通用GenomicFeature注释。

See ?makeTranscriptDbFromUCSC and ?makeTranscriptDbFromBiomart for making a TranscriptDb object from the UCSC or BioMart sources.
看到?makeTranscriptDbFromUCSC和?makeTranscriptDbFromBiomart从加州大学圣克鲁兹分校或BioMart来源TranscriptDb对象。

See ?makeFeatureDbFromUCSC for making a FeatureDb object from the UCSC or BioMart sources.
看到?makeFeatureDbFromUCSC从加州大学圣克鲁兹分校或BioMart来源FeatureDb对象。

See ?saveDb and ?loadDb for saving and loading the database contents of a TranscriptDb or FeatureDb object.
看到?saveDb和?loadDb用于保存和加载一个TranscriptDb或FeatureDb对象的数据库内容。

select, cols and keys are used together to extract data from an TranscriptDb object.  
select，cols和keysTranscriptDb对象中提取数据一起使用。


方法----------Methods----------

In the code snippets below, x is a TranscriptDb object. For the metadata and show methods, there is also support for FeatureDb objects.
在下面的代码片段，x是TranscriptDb的对象。对于元数据和显示的方法，也有支持FeatureDb对象。

metadata(x): Returns x's metadata in a data frame.
metadata(x)：返回x的一个数据框中的元数据。

seqinfo(x): Gets the information about the underlying sequences as a Seqinfo object.
seqinfo(x)：获取有关底层作为Seqinfo对象序列的信息。

as.list(x): Dumps the entire db into a list of data frames txdump that can be used in do.call(makeTranscriptDb, txdump) to make the db again with no loss of information. Note that the transcripts are dumped in the same order in all the data frames.
as.list(x)：转储到整个数据库的数据框的列表txdump可用于do.call(makeTranscriptDb, txdump)DB再没有信息丢失。注意倾倒在同一顺序中的所有数据框的成绩单。

isActiveSeq(x): Returns the currently active sequences for this txdb object as a named logical vector.  Only active sequences will be tapped when using the supplied accessor methods.  Inactive sequences will be ignored.  By default, all available sequences will be active.
isActiveSeq(x)：返回当前活动序列作为一个命名的逻辑向量txdb对象。只有积极的序列将被窃听时使用提供的存取方法。无效序列将被忽略。默认情况下，所有可用的序列将被激活。

isActiveSeq(x) <-: Allows the user to change which sequences will be actively accessed by the accessor methods by altering the contents of this named logical vector.
isActiveSeq(x) <-：允许用户更改序列积极的存取方法访问改变这种命名的逻辑向量的内容。

keytypes(x): allows the user to discover which keytypes can be passed in to select or keys and the keytype argument.
keytypes(x)：允许用户发现其中keytypes可以在select或keys和keytype参数传递。

keys(x, keytype): returns keys for the database contained in the TranscriptDb object .  By default it will return the "TXNAME" keys for the database, but if used with the keytype argument, it will return the keys from that keytype.
keys(x, keytype)：返回键在TranscriptDb对象中的数据库。默认情况下它会返回数据库“TXNAME”键，但如果用keytype参数，它将返回从公钥类型的键。

cols(x): shows which kinds of data can be returned for the TranscriptDb object.
cols(x)：显示各种数据可用于TranscriptDb对象返回。

select(x, keys, cols, keytype): When all the appropriate arguments are specifiedm select will retrieve the matching data as a data.frame based on parameters for selected keys and cols and keytype arguments.
select(x, keys, cols, keytype)：当所有适当的参数specifiedmselect将检索匹配的数据作为参数的数据框，选定keys和cols和keytype参数。

See ?transcripts, ?transcriptsByOverlaps, ?id2name and ?transcriptsBy for other useful operations on TranscriptDb objects.
看到?transcripts，?transcriptsByOverlaps，?id2name和?transcriptsByTranscriptDb对象的其他有用的操作。


作者（S）----------Author(s)----------


H. Pages, Marc Carlson



参见----------See Also----------

Seqinfo-class, makeTranscriptDbFromUCSC, makeTranscriptDbFromBiomart, loadFeatures, transcripts, transcriptsByOverlaps, id2name, transcriptsBy
seqinfo-级，makeTranscriptDbFromUCSC，makeTranscriptDbFromBiomart，loadFeatures，transcripts，transcriptsByOverlaps，id2name，transcriptsBy


举例----------Examples----------


txdb_file <- system.file("extdata", "Biomart_Ensembl_sample.sqlite",
                         package="GenomicFeatures")
txdb <- loadFeatures(txdb_file)
txdb

## Use of seqinfo[＃的seqinfo使用]
seqinfo(txdb)
seqlevels(txdb)  # shortcut for 'seqlevels(seqinfo(txdb))'[快捷“seqlevels（seqinfo（txdb））”]
seqlengths(txdb)  # shortcut for 'seqlengths(seqinfo(txdb))'[快捷键为“seqlengths（seqinfo（txdb））”]
isCircular(txdb)  # shortcut for 'isCircular(seqinfo(txdb))'[快捷的的“isCircular（seqinfo（txdb））”]
names(which(isCircular(txdb)))

## Examples on how to change which sequences are active[＃例如如何改变该序列是积极的]
## Set chr1 and chr3 to be inactive:[＃设置chr1和chr3处于非活动状态：]
isActiveSeq(txdb)[c("1", "3")] <- FALSE
## Set ALL of the chromsomed to be inactive[＃设置的chromsomed全部是无效]
isActiveSeq(txdb)[seqlevels(txdb)] <- FALSE
## Now set only chr1 and chr5 to be active[＃现在只有chr1和chr5是积极的]
isActiveSeq(txdb)[c("1", "4")] <- TRUE

## Use of as.list[＃的as.list使用]
txdump <- as.list(txdb)
txdump
txdb1 <- do.call(makeTranscriptDb, txdump)
stopifnot(identical(as.list(txdb1), txdump))

## Use of select and supporting methods[＃使用的选择和支持的方法]
## find key types[＃发现的主要类型]
keytypes(txdb)
## list IDs that can be used to filter[＃列出的ID，可以用来过滤]
head(keys(txdb, "GENEID"))
head(keys(txdb, "TXID"))
head(keys(txdb, "TXNAME"))
## list columns that can be returned by select[＃列表中的列，可通过选择返回]
cols(txdb)
## call select[＃调用选择]
res = select(txdb, head(keys(txdb, "GENEID")),
             cols = c("GENEID","TXNAME"),
             keytype="GENEID")
head(res)

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