R语言 GenomicFeatures包 makeTranscriptDbFromUCSC()函数中文帮助文档(中英文对照)

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makeTranscriptDbFromUCSC(GenomicFeatures)
makeTranscriptDbFromUCSC()所属R语言包：GenomicFeatures

                                         Making a TranscriptDb object from annotations available at the UCSC Genome Browser
                                         在UCSC基因组浏览器提供的注释1 TranscriptDb对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The makeTranscriptDbFromUCSC function allows the user to make a TranscriptDb object from transcript annotations available at the UCSC Genome Browser.
makeTranscriptDbFromUCSC功能允许用户从UCSC基因组浏览器提供的成绩单注释TranscriptDb对象。


用法----------Usage----------


supportedUCSCtables()

getChromInfoFromUCSC(
        genome,
        goldenPath_url="http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath")

makeTranscriptDbFromUCSC(
        genome="hg18",
        tablename="knownGene",
        transcript_ids=NULL,
        circ_seqs=DEFAULT_CIRC_SEQS,
        url="http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/",
        goldenPath_url="http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath")



参数----------Arguments----------

参数：genome
genome abbreviation used by UCSC and obtained by ucscGenomes()[ , "db"]. For example: "hg18".
基因组的缩写，由加州大学圣克鲁兹分校和获得ucscGenomes()[ , "db"]。例如："hg18"。


参数：tablename
name of the UCSC table containing the transcript annotations to retrieve. Use the supportedUCSCtables utility function to get the list of supported tables. Note that not all tables are available for all genomes.
UCSC的包含谈话注解检索的表的名称。使用supportedUCSCtables实用功能得到支持的表的列表。请注意，并非所有的表可用于所有基因组。


参数：transcript_ids
optionally, only retrieve transcript annotation data for the specified set of transcript ids. If this is used, then the meta information displayed for the resulting TranscriptDb object will say 'Full dataset: no'. Otherwise it will say 'Full dataset: yes'.
选择性，只检索指定的一组转录IDS的成绩单注释数据。如果这是用来显示产生TranscriptDb对象的元信息会说：“完整的数据集：没有”。否则，它会说“全部数据集：有。


参数：circ_seqs
a character vector to list out which chromosomes should be marked as circular.
字符向量，列出染色体应为圆形标记。


参数：url,goldenPath_url
use to specify the location of an alternate UCSC Genome Browser.
使用指定备用UCSC基因组浏览器的位置。


Details

详情----------Details----------

makeTranscriptDbFromUCSC is a convenience function that feeds data from the UCSC source to the lower level makeTranscriptDb function. See ?makeTranscriptDbFromBiomart for a similar function that feeds data from a BioMart database.
makeTranscriptDbFromUCSC是一个方便的功能，送入下级makeTranscriptDb函数从UCSC源的数据。看到?makeTranscriptDbFromBiomart类似的功能，饲料从BioMart数据库的数据。


值----------Value----------

A TranscriptDb object.
TranscriptDb对象。


作者（S）----------Author(s)----------



M. Carlson and H. Pages




参见----------See Also----------

ucscGenomes, DEFAULT_CIRC_SEQS, makeTranscriptDbFromBiomart, makeTranscriptDb
ucscGenomes，DEFAULT_CIRC_SEQS，makeTranscriptDbFromBiomart，makeTranscriptDb


举例----------Examples----------


## Display the list of genomes available at UCSC:[＃显示在UCSC基因组名单：]
library(rtracklayer)
ucscGenomes()[ , "db"]

## Display the list of tables supported by makeTranscriptDbFromUCSC():[＃显示表由makeTranscriptDbFromUCSC（）支持列表：]
supportedUCSCtables()

## Not run: [＃无法运行：]
## Retrieving a full transcript dataset for Yeast from UCSC:[＃检索完整记录的数据集，从加州大学圣克鲁兹分校的酵母：]
txdb1 <- makeTranscriptDbFromUCSC(genome="sacCer2", tablename="ensGene")

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

## Retrieving an incomplete transcript dataset for Mouse from UCSC[＃检索鼠标从UCSC的完整成绩单集]
## (only transcripts linked to Entrez Gene ID 22290):[＃（链接到Entrez基因标识22290只的成绩单）：]
transcript_ids <- c(
    "uc009uzf.1",
    "uc009uzg.1",
    "uc009uzh.1",
    "uc009uzi.1",
    "uc009uzj.1"
)

txdb2 <- makeTranscriptDbFromUCSC(genome="mm9", tablename="knownGene",
                                  transcript_ids=transcript_ids)
txdb2

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