R语言 GenomicFeatures包 id2name()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

id2name(GenomicFeatures)
id2name()所属R语言包：GenomicFeatures

                                         Map internal ids to external names for a given feature type
                                         图对于一个给定的功能类型的外部名称的内部ID

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Utility function for retrieving the mapping from the internal ids to the external names of a given feature type.
从内部ID映射到一个给定的功能类型的外部名称检索实用功能。


用法----------Usage----------


id2name(txdb, feature.type=c("tx", "exon", "cds"))



参数----------Arguments----------

参数：txdb
A TranscriptDb object.
TranscriptDb对象。


参数：feature.type
The feature type for which the mapping must be retrieved.
映射必须检索功能类型。


Details

详情----------Details----------

Transcripts, exons and CDS in a TranscriptDb object are stored in seperate tables where the primary key is an integer called feature internal id. This id is stored in the "tx_id" column for transcripts, in the "exon_id" column for exons, and in the "cds_id" column for CDS. Unlike other commonly used ids like Entrez Gene IDs or Ensembl IDs, this internal id was generated at the time the TranscriptDb object was created and has no meaning outside the scope of this object.
成绩单，外显子和在TranscriptDb对象的CDS存储在单独的表主键是一个整数特征的内部ID。这个ID存储在"tx_id"成绩单列，在"exon_id"列外显子，并在"cds_id"的CDS列。 Entrez基因身份证或Ensembl的标识像不像其他常用的IDS，这种内部的ID生成在TranscriptDb对象的创建时间和有没有此对象的范围之外的意义。

The id2name function can be used to translate this internal id into a more informative id or name called feature external name. This name is stored in the "tx_name" column for transcripts, in the "exon_name" column for exons, and in the "cds_name" column for CDS.
id2name函数可以用来转化为一个更翔实的ID或名字叫功能的外部名称的内部ID。这个名字是储存在"tx_name"成绩单列，在"exon_name"列外显子，并在"cds_name"的CDS列。

Note that, unlike the feature internal id, the feature external name is not guaranteed to be unique or even defined (the column can contain NAs).
请注意，不同功能的内部ID，功能的外部名称，但不保证是唯一的，甚至定义（列可以包含NAS）。


值----------Value----------

A named character vector where the names are the internal
名称是内部命名的特征向量


作者（S）----------Author(s)----------


H. Pages



参见----------See Also----------

TranscriptDb, transcripts, transcriptsBy
TranscriptDb，transcripts，transcriptsBy


举例----------Examples----------


  txdb1_file <- system.file("extdata", "UCSC_knownGene_sample.sqlite",
                            package="GenomicFeatures")
  txdb1 <- loadFeatures(txdb1_file)
  id2name(txdb1, feature.type="tx")[1:4]
  id2name(txdb1, feature.type="exon")[1:4]
  id2name(txdb1, feature.type="cds")[1:4]

  txdb2_file <- system.file("extdata", "Biomart_Ensembl_sample.sqlite",
                            package="GenomicFeatures")
  txdb2 <- loadFeatures(txdb2_file)
  id2name(txdb2, feature.type="tx")[1:4]
  id2name(txdb2, feature.type="exon")[1:4]
  id2name(txdb2, feature.type="cds")[1:4]

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。