parseGffAttributes(genomeIntervals)
parseGffAttributes()所属R语言包:genomeIntervals
Parse out the gffAttributes column of a Genome\_intervals object
解析出基因组\ _intervals对象gffAttributes列
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
GFF files contain a string, with key/value pairs separated by “;”, and the key and value separated by “=”. This function parses such strings into a list of vectors with named elements.
GFF文件包含一个字符串,分隔的键/值对的“;”,“=”分隔键和值。此功能解析成这样的字符串,命名元素的向量列表。
用法----------Usage----------
parseGffAttributes(gi)
参数----------Arguments----------
参数:gi
A Genome_intervals object.
一个Genome_intervals对象。
值----------Value----------
A list, with one element per row of gi. Each element is a character vector with named components. Names correspond to keys, and components correspond to values.
一个列表,每一个行gi元素。每个元素都是一个命名组件的特征向量。名称对应键,组件对应的值。
注意----------Note----------
Key/value pairs which are missing the “=” symbol, or which have nothing between it and the “;” delimiter or end of line, will generate a NA value, with a warning. Any key/value “pairs” with more than one “=” cause an error.
键/值对,其中缺少“=”符号,或有没有它与“;”分隔符或行结束,将产生一个警告NA值。任何键/值“对”与多个“=”导致错误。
参见----------See Also----------
In many cases, getGffAttribute, in this package, is easier and faster. See the function readGff3 for loading a GFF file.
在许多情况下,getGffAttribute,在这个包,是更容易和更快。看到功能readGff3加载GFF文件。
举例----------Examples----------
# Get file path[获取文件路径]
libPath <- installed.packages()["genomeIntervals", "LibPath"]
filePath <- file.path(
libPath,
"genomeIntervals",
"example_files"
)
# Load gff and parse attributes[加载GFF和解析属性]
gff <- readGff3( file.path( filePath, "sgd_simple.gff"), isRightOpen = FALSE )
gfatt <- parseGffAttributes(gff)
head( gfatt )
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注:
注1:为了方便大家学习,本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成,仅供个人R语言学习参考使用,生物统计家园保留版权。
注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
注3:如遇到不准确之处,请在本贴的后面进行回帖,我们会逐渐进行修订。
|