R语言 genoCN包 plotCN()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plotCN(genoCN)
plotCN()所属R语言包：genoCN

                                         plot LRR, BAF, and the copy number estimates
                                         图LRR类，曝气生物滤池，拷贝数估计

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

plot LRR, BAF, and the copy number estimates of genoCNV and/or PennCNV.
图LRR类，曝气生物滤池，拷贝数的genoCNV和/或PennCNV的估计。


用法----------Usage----------


plotCN(pos, LRR, BAF, chr2plot = NULL, sampleIDs = NULL, fileNames=NULL,
types = "genoCN", CNA = TRUE, main = "", LRR.ylim=NULL,
cex=0.5, plot.lowess=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：pos
position of all the SNPs  
所有的SNP的位置


参数：LRR
a vector of the log R ratio, should be one-to-one correspondence of pos  
logR比矢量，应该是一到一个对应的POS


参数：BAF
a vector of the B allele frequency, should be one-to-one correspondence of pos  
B等位基因频率向量，应该是一到一个对应的POS


参数：chr2plot
which chromosome to plot. Only one chromosome can be plotted each time  
其中染色体图。只有一条染色体可以绘制每次


参数：sampleIDs
sample ID, could be a vector of the same length as fileNames so that different sample IDs are used for different input files.  
样品编号，可能是一个向量，使不同的样品ID使用不同的输入文件作为文件名的长度相同。


参数：fileNames
one or more names of the output files of genoCN or PennCNV. If it is NULL, only plot the LRR and BAF.  
一个或更多的genoCN或PennCNV输出文件的名称。如果它是空的，只绘制LRR和曝气生物滤池。


参数：types
should be the same length as fileNames, indicating the type of output, currently only support "genoCN" and "pennCNV"  
应该作为文件名的长度相同，表示输出类型，目前只支持的“genoCN”和“pennCNV”


参数：CNA
whether this is a copy number aberration study.  
这是否是一个拷贝数畸变的研究。


参数：main
title of the plot  
图称号


参数：LRR.ylim
Range of y-axis for LRR plot  
LRR类积y轴的范围


参数：cex
the amount by which plotting text and symbols should be magnified relative to the default
图文字和符号相对应放大默认的金额


参数：plot.lowess
to plot the lowess curve for LRR or not  
为LRR类绘制的LOWESS曲线或不


作者（S）----------Author(s)----------


Wei Sun



参见----------See Also----------

genoCNA, genoCNV
genoCNA，genoCNV


举例----------Examples----------


data(snpData)
data(snpInfo)

dim(snpData)
dim(snpInfo)

snpData[1:2,]
snpInfo[1:2,]

snpInfo[c(1001,1100,10001,10200),]

plotCN(pos=snpInfo$Position, LRR=snpData$LRR, BAF=snpData$BAF,
main = "simulated data on Chr22")

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