R语言 GeneticsPed包 inbreeding()函数中文帮助文档(中英文对照)

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inbreeding(GeneticsPed)
inbreeding()所属R语言包：GeneticsPed

                                        Inbreeding coefficient
                                         近交系数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

inbreeding calculates inbreeding coefficients of
inbreeding计算近交系数


用法----------Usage----------


inbreeding(x, method="meuwissen", sort=TRUE, names=TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
pedigree object
系谱对象


参数：method
character, method of calculation "tabular", "meuwissen" or "sargolzaei", see details
字符，计算“表格”，“meuwissen”或“sargolzaei”的方法，查看详细信息


参数：sort
logical, for the computation the pedigree needs to be sorted, but results are sorted back to original sorting (sort=TRUE) or not (sort=FALSE)
计算逻辑，系谱需要进行排序，但结果进行排序回原来的排序（排序= TRUE），或不（排序为FALSE）


参数：names
logical, should returned vector have names; this can be used to get leaner returned object
逻辑，应该返回向量的名称，这可以被用来获得精简返回的对象


参数：...
arguments for other methods
为其他方法的参数


Details

详情----------Details----------

Coefficient of inbreeding (F) represents probability that two alleles on a loci are identical by descent (Wright, 1922; Falconer and Mackay, 1996). Wright (1922) showed how F can be calculated but his method of paths is not easy to wrap in a program. Calculation of F can also be performed using tabular method for setting the additive relationship matrix (Henderson, 1976), where F_i = A_{ii} - 1. Meuwissen and Luo (1992) and VanRaden (1992) developed faster algorithms for F calculation. Wiggans et al. (1995) additionally explains method in VanRaden (1992). Sargolzaei et al. (2005) presented yet another fast method.
近交系数（F）表示，两个位点上的等位基因（赖特，1922年;福尔克纳和麦凯，1996年）由血缘相同的概率。赖特（1922年）表明，如何F可以计算，但他的路径的方法是不容易在一个程序包。计算F也可以使用添加剂的关系矩阵（恒基兆业，1976年），其中F_i = A_{ii} - 1设置表格的方法。 meuwissen和罗（1992）和VanRaden（1992）F计算更快的算法。 wiggans等人。 （1995）此外解释在VanRaden（1992）的方法。 sargolzaei等人。 （2005）提出的又一个快速的方法。

Take care with sort=FALSE, names=FALSE. It is your own responsibility to assure proper handling in this case.
sort=FALSE, names=FALSE采取照顾。这是你自己的责任，以保证在这种情况下，妥善处理。


值----------Value----------

A vector of length n with inbreeding coefficients, where
一个向量的长度n近亲繁殖系数，其中


作者（S）----------Author(s)----------


Gregor Gorjanc and Dave A. Henderson



参考文献----------References----------

Genetics. 4th edition. Longman, Essex, U.K. http://www.amazon.com/gp/product/0582243025
numerator relationship matrix used in prediction of breeding values. Biometrics 32(1):69-83
in large populations. Genetics Selection and Evolution 24:305-313
algorithm for computing inbreeding coefficients in large populations. Journal of Animal Breeding and Genetics 122(5):325–331 http://dx.doi.org/10.1111/j.1439-0388.2005.00538.x
genetic evaluation for large populations. Journal of Dairy Science 75(11):3136-3144 http://jds.fass.org/cgi/content/abstract/75/11/3136
and use of inbreeding coefficients for genetic evaluation of United States dairy cattle. Journal of Dairy Science 78(7):1584-1590 http://jds.fass.org/cgi/content/abstract/75/11/3136
American Naturalist 56:330-338

参见----------See Also----------

Pedigree, relationshipAdditive,
Pedigree，relationshipAdditive


举例----------Examples----------


  data(Mrode2.1)
  Mrode2.1$dtB <- as.Date(Mrode2.1$dtB)
  x2.1 <- Pedigree(x=Mrode2.1, subject="sub", ascendant=c("fat", "mot"),
                   ascendantSex=c("M", "F"), family="fam", sex="sex",
                   generation="gen", dtBirth="dtB")
  fractions(inbreeding(x=x2.1))

  ## Compare the speed[＃比较的速度。]
  ped <- generatePedigree(nId=25)
  system.time(inbreeding(x=ped))
  # system.time(inbreeding(x=ped, method="sargolzaei")) # not yet implemented[system.time（近亲繁殖（X = PED，方法=“sargolzaei”））＃尚未实施]
  system.time(inbreeding(x=ped, method="tabular"))

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